Это слова среднего рода. Род аббревиатур определяется по опорному слову в словосочетании. В данном случае это слова агентство и министерство.

1. Склонение/несклонение аббревиатур связано всего лишь с традицией их употребления. Слово СПИД появилось в нашей речи еще в 1980-е годы и практически сразу стало восприниматься как полноценное существительное мужского рода, то есть приобрело способность склоняться и оформляться строчными буквами, например: Такая же участь ожидает нашу страну и наш народ, который теперь по государственному указу получает прививку духовного СПИДа, который грозит нам окончательной духовной гибелью [Г. В. Свиридов. Музыка как судьба (1987)]; Название этой страшной болезни тогда еще он не знал, но речь шла о спиде [Василий Катанян. Лоскутное одеяло (1980–1989)]. Аббревиатура ВИЧ, как показывает статистика, распространена существенно меньше.

2. В контексте в начале было слово присутствует не наречие, а существительное с предлогом, так как речь идет о начале начал.

3. Ударение в фамилиях на -их, -ых падает на окончание лишь в том случае, если это двусложные фамилии: Больши́х, Долги́х и т. п. В фамилиях с тремя и более слогами ударение такое же, как в исходных прилагательных: Полевы́х, но Пова́ренных. Сдвиг ударения в фамилиях первого типа отчасти можно объяснить тенденцией к ритмическому равновесию.

Буква ф в составе аббревиатур не всегда произносится в соотвествии со своим названием. Верны варианты [эмфэцэ́] и [фээргэ́].

Аббревиатуру НДРЙ «Словарь сокращений русского языка» (Д. И. Алексеев, И. Г. Гозман, Г. В. Сахаров) рекомендует читать [эн-дэ-эр-и́й]. Произнесение аббревиатур с буквой й в целом подчиняется общим правилам. Слова, вызывающие затруднение, нужно проверять по словарям.

Произнесение аббревиатур и образованных от них слов с двумя [э] подряд, конечно, возможно, ср.: [бэтээр] (БТР), [дээргэ] (ДРГ), также кавээнщик, фээсбэшник (равноправный вариант с эфэсбэшник) и т. д. Но Вы правы в том, что закрепилось произношение [вэсэу], да и образованное от ВСУ разговорное вэсэушник встречается гораздо чаще, чем вээсушник. В литературной речи бывает, что аббревиатуры произносятся по разговорным названиям букв, ср.: [сэшэа] (США), [фэбээр] (ФБР). Поэтому произношение [вэсэу] на ТВ вполне корректно.

В составе буквенных аббревиатур чтение некоторых названий букв может не совпадать с их общепринятыми названиями. По общему правилу буквенные аббревиатуры произносятся по названиям начальных букв слова или частей сложного слова, но есть исключения типа США ([сэ-шэ-а]) или ФРГ ([фэ-эр-гэ]). Аббревиатура ЮАР произносится как обычное слово [jу-ар]. См. наш материал «Как правильно употреблять аббревиатуры?».

В составе буквенных аббревиатур чтение некоторых названий букв может не совпадать с их общепринятыми названиями. По общему правилу буквенные аббревиатуры произносятся по названиям начальных букв слов или частей сложного слова, но есть исключения типа США ([сэ-шэ-а]) или ФРГ ([фэ-эр-гэ]), зафиксированные в словарях. Что касается омофонии (одинакового звучания разных слов типа ЕС и ЕЭС), то она встречается в языке, в том числе и среди аббревиатур.

Этот вопрос носит, на наш взгляд, несколько отвлеченный характер. В тех сферах общения, где ценится соблюдение норм, это слово лучше вообще не употреблять. Написания типа ХЗ, хз характерны для аббревиатур. Но аббревиатуры — это имена существительные, поэтому такое написание не подходит. Написания типа х. з. или х/з используются в графических сокращениях. Графические сокращения не представляют собой самостоятельных словесных единиц, это условный способ передачи полностью произносимых сочетаний. Поэтому и этот способ написания не годится. Приемлемым можно считать написание хэзэ. Такие написания строятся из названий букв и используются в том числе для передачи единиц, которые, будучи изначально графическими сокращениями, приобрели в ходе общения статус самостоятельных слов (хэбэ, мэнээс).

Аббревиатура АРМ (автоматизированное рабочее место) не склоняется, поскольку читается по названиям букв: аэрэ́м. Такие аббревиатуры в русском языке не склоняются.

Склоняться могут звуковые аббревиатуры, которые читаются «по слогам», как обыкновенные слова. Но только для некоторых аббревиатур такое склонение нейтрально, во многих случаях аббревиатуры склоняются в разговорной речи (пробка на МКАДе) и не склоняются в строгой деловой письменной речи (на МКАД). Ударение при склонении аббревиатур на окончание не переходит.

Таким образом, аббревиатуру АРМ не склоняем, аббревиатуру СБОЛ (звуковую) можно склонять в разговорной речи, сохраняя ударение на основе. Склонение аббревиатур с ударением на окончании (СБОЛе́) ненормативно, но может использоваться, например, в рамках языковой игры (как нарочито неправильное произношение).

Подробнее об употреблении аббревиатур см. в «Письмовнике».

Аббревиатуры, образованные от начальных букв слов, в том числе от начальных букв сложных прилагательных, не содержат дефиса (ср. НИИ — научно-исследовательский институт). Образование аббревиатуры СОГУ соответствует правилам образования аббревиатур в русском языке.