Сочетание в этой связи не требует выделения запятыми. Заметим, что в приведенном контексте, в котором речь идет о причинно-следственной связи, более уместно употребить вместо него сочетание в связи с этим (см. «Словарь-справочник трудностей русского языка»), но и оно не обособляется. Рекомендуется для лучшего восприятия разделить предложение на два: По состоянию на 04.04.2025 денежные средства от Специализированного отдела судебных приставов по г. Москве ГМУ ФССП России в счет оплаты задолженности по решению Арбитражного суда города Москвы по делу № 123456 не поступали. В связи с этим денежные средства, перечисленные в бюджет города Москвы по платежному поручению, указанному в обращении, учтены на финансово-лицевом счете Договора в соответствии с назначением платежа.

В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано следующее. 

Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют:

а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни;

б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.;

в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни;

г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия.

Во всех остальных случаях они пишутся слитно. 

В примере невидимые за листьями нет ни одного из условий для раздельного написания, поэтому нужно писать слитно.

В первом предложении знаки поставлены корректно. Во втором предложении есть тире, поставленные на разных основаниях, что некорректно прежде всего потому, что затемняет логические связи внутри конструкций. Поскольку на месте пропущенных членов в неполном предложении (а в нем есть неполные части, в которых восстанавливается сочетание сократила/сократил добычу) возможно только тире, рекомендуем в этом случае для выделения пояснительных конструкций использовать запятые: По данным Министерства энергетики Российской Федерации, опубликованным 24 января 2025 года, «Роснефть» сократила добычу на 2 процента, до 75 миллиардов кубометров, «Лукойл» — на 6 процентов, до 17 миллиардов кубометров, а «Сургутнефтегаз» — на 11 процентов, до 6 миллиардов кубометров.

На это предложение есть несколько возражений.

Во-первых, слово поп в русском языке обозначает именно православного священника, причем не является нейтральным. В словарях оно дано с пометой «разговорное» и нередко используется в контекстах, где речь идет о каких-либо негативных качествах священника (жадность, наглость и др.).

Во-вторых, папа римский — это не просто священнослужитель, это глава католической церкви. Слово поп такого значения не передает.

В-третьих, Вы сами пишете: по устоявшейся традиции. Традиции в языке очень сильны, и сочетание папа римский давно устоялось в русском языке для обозначения главы католической церкви. Нет никакого смысла это менять, да язык и сам не позволил бы нам это сделать.

Варианты окончания творительного падежа мн. числа -ами (-ями) / -(ь)ми в древности принадлежали разным типам склонения имен существительных. Однако после унификации склонения существительных во множественном числе для всех слов нормативным стало окончание -ами (-ями). И лишь у нескольких слов в современном русском языке возможно окончание -(ь)ми. У слова дети форма детьми единственно возможная. В парах дверями — дверьми, лошадями — лошадьми, дочерями — дочерьми возможны оба варианта, причем более употребительно окончание -(ь)ми. У слова звери предпочтительным считается форма зверями; вариант зверьми рассматривается как устаревающий. Кроме этого, у слов кость и плеть при нормативных формах костями, плетями формы на -(ь)ми сохраняются в устойчивых сочетаниях лечь костьми, бить плетьми.

Можем помочь разве что с пунктуацией: Там, где-то вдалеке, На забытой всем земле, Горит фонарь лишь тусклым взглядом, Как будто кто-то есть тут рядом. Но он один, в глуши безлюдной Горит, мерцая поминутно И в тёплый день, и в студни зим, Словно кто-то рядом с ним…

Обратите внимание на зафиксированные в словарях значения существительного студень:

СТУДЕНЬ, -дня; м. 1. Кушанье из сгустившегося, превратившегося в желе при охлаждении мясного или рыбного отвара с мелкими кусочками мяса или рыбы. Варить с. С. с горчицей. Тарелка студня. Подать на холодное с. 2. Техн. Вещество определённой структуры, образующееся при отвердевании жидких растворов полимеров. Гремучий с. (взрывчатое вещество, используемое в процессе изготовления динамита).

Важно различать синхронный (современный) морфемный и исторический (этимологический) состав слова. Исторически одно слово может быть образовано от другого. Но назвать слова однокоренными в современном русском языке можно только в том случае, если и сейчас оба слова живут в языке, если чувствуется смысловая связь производного и производящего, если мы можем объяснить значение производной основы через значение производящей. Конечно, слова отчаянный, отчаяться восходят к чаять, исторически в них один корень. Но вполне разумной представляется позиция «Морфемно-орфографического словаря», где этот корень на синхронном уровне уже не выделяется: слова чаяние, чаять ушли на периферию литературного языка и почти забыты, в словарях они сопровождаются пометами устар. и прост., для многих носителей языка связь слов отчаянный и чаять неочевидна (т. е. смысловые связи почти разрушены).

Разница есть. Приведем фрагмент из учебного пособия Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников»:

В неопределённо-личных предложениях... главный член выражается глаголом в форме 3 лица множественного числа (настоящего и будущего времени в изъявительном наклонении и в повелительном наклонении), формой множественного числа прошедшего времени изъявительного наклонения или аналогичной формой условного наклонения глагола. Производитель действия в этих предложениях неизвестен или неважен:

Тебе звонят / звонили / пусть звонят / звонили бы.

Не являются неопределенно-личными такие предложения без подлежащего со сказуемым в указанных формах, в котором производитель действия известен из предыдущего контекста; см., например, второе предложение в следующем контексте:

Мы вышли из лесу и попытались сориентироваться на местности. Потом пошли по тропинке вправо.

Такие предложения являются двусоставными неполными.

В именах существительных после запятой словарь указывает окончание родительного падежа единственного числа (а не именительного падежа множественного числа). Словарная статья сервер, -а означает, что окончание -а – это окончание родительного падежа: (нет) сервера. Словарная статья читается следующим образом: если в статье нет особых указаний на форму множественного числа (помета мн.), то для образования формы именительного падежа множественного числа используется окончание -и или -ы. Если же требуется иное окончание (или допустимы варианты), то ставится помета: мн. -а. Например: 

Изначально единственно правильным было ударение мастерски. Например, в словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (М., 1959) только этот вариант указан в качестве нормативного. Но позднее словари стали допускать и ударение мастерски. Сейчас в подавляющем большинстве словарей русского языка варианты мастерски и мастерски даны как равноправные. Но есть и иные рекомендации. Например, «Орфоэпический словарь русского языка» под ред. Н. А. Еськовой (10-е изд. М., 2015) по-прежнему не признает ударение мастерски в качестве допустимого. А «Словарь трудностей русского языка для работников СМИ» М. А. Штудинера (М., 2016), напротив, именно этому варианту отдает предпочтение. Как мы видим, конкуренция вариантов продолжается, с этим и связан разнобой в словарях.