Существительное сотрудник одушевленное, поэтому форма винительного падежа: (включить в план) трех сотрудников.

Вы правы, здесь пишется частица не. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает на необходимость различения в придаточных предложениях сочетания кто бы ни, где бы ни и т. п., в составе которых имеется частица ни, примыкающая к относительному слову, и сочетания кто бы не, где бы не и т. п., в составе которых имеется частица не, относящаяся к сказуемому. Здесь отрицание относится к сказуемому (нет такого клочка суши, где бы не были обнаружены...). Ср.: Где бы я ни был, ты помни о друге...

Рекомендация, приведенная в справочнике Д. Э. Розенталя, касается выбора  формы определения, которое находится между числительным два, три, четыре, и существительным. Трудность в том, какую форму выбрать: две одинаковые бабочки или две одинаковых бабочки? Розенталь говорит, что при существительных женского рода определение чаще ставится в форме именительного падежа, т. е. две одинаковые бабочки. 

В вопросе № 302351 речь шла о конструкции после глагола найти, требующего винительного падежа. Вспомним, что у одушевленных существительных винительный падеж во множественном числе совпадает с родительным (вижу бабочек), а у неодушевленных — с именительным (вижу ложки). Поэтому правильно: найди двух одинаковых бабочек (ср. в родительном падеже: там нет двух одинаковых бабочек), но, например, найди две одинаковые ложки.

В обоих случаях перед нами сложное предложение, союз и присоединяет отдельную грамматическую основу в нём, поэтому знак препинания перед союзом нужен. Этим знаком может быть либо запятая (по общему правилу), либо тире (как знак, выражающий значение результата, следствия).

Закрепилось управление покупка по предоплате. В этом сочетании предлог по имеет словарное значение 'посредством чего-либо'.

Нужно указать выходные данные оригинального издания. Полагаем, что библиографическое описание можно дать на японском языке (если позволяют технические возможности) или перевести на русский. Эти нюансы нужно обсудить с издательством, в котором будет опубликована Ваша научная работа. 

Словари ударений, словари географических названий последовательно фиксируют: Тимашёвск. Такая фиксация – не только в современных словарях, но и в изданиях советской эпохи, например в книге А. В. Суперанской «Ударение в собственных именах в современном русском языке» (М., 1966) (здесь дано: Тимашёвская, книга подписана к печати за несколько месяцев до того, как станица Тимашёвская стала городом Тимашёвском), в «Словаре географических названий СССР» (М., 1983). Ничего не изменилось и в наши дни. Норма литературного языка (которую должны соблюдать и работники эфира, в т. ч. регионального телевидения) – Тимашёвск.

В современной русской речи слово робот (в значении 'автоматическое устройство') склоняется по типу одушевленного и неодушевленного существительного. Варьирование падежных форм (в сочетании с переходными глаголами, в предложных конструкциях) остается приметной особенностью этого слова. Варьирование обусловлено рядом факторов: речевой практикой в той или иной сфере (например, в профессиональной, отраслевой среде, в художественной литературе), представлениями о том, какое именно автоматическое устройство обозначается этим термином, контекстными условиями.