Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.

Глагол селиться относится к II спряжению (как и большинство глаголов на -ить), поэтому в форме 3-го лица мн. числа настоящего времени имеет окончание -ят (ср. валиться — валятся, извиниться — извинятся и т. п.). Также к II спряжению относятся глаголы просить (они просят) и ходить (они ходят).

Такое употребление является грубой ошибкой, не стилистической, а скорее лексической, связанной с неправильным выбором предлога.

Для постановки этих запятых нет оснований.

Запятая не нужна. Для таких случаев есть отдельное правило: деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется).

Основным принципом русской пунктуации является грамматический, а не интонационный. Рекомендуем Вам ознакомиться с таким, например, материалом.

Слово эхосигнал пишется слитно, как и другие слова с первой частью эхо- (эхолот, эхокамера и т. д.).

Правила слитного, дефисного или раздельного написания слов в русском языке довольно сложные. Ошибки, увы, встречаются и в научной литературе, и в специализированных изданиях, ответственны за эти ошибки редакторы и корректоры этих изданий.

Однородные сказуемые могут быть выражены глаголами разного вида.

Нет, такое произношение будет нарушать орфоэпические нормы.

Вводная конструкция с другой стороны вполне может употребляться самостоятельно — для приведения точки зрения, факта, обстоятельства, которые противоречат или противопоставляются тому, что сказано ранее. Например: Основоположником этого учения является Н. А. Морозов. Многое, о чем пойдет речь ниже, фактически идет от него. Но в своем критическом разборе мы, как правило, не будем специально выделять вклад Н. А. Морозова, исходя из того, что на нынешнем этапе А. Т. Ф. равно ответствен как за выдвинутые им самим положения, так и за те, где он солидаризировался с Н. А. Морозовым. С другой стороны, мы будем ниже во многих случаях говорить именно об А. Т. Ф., даже если цитируется совместная работа, поскольку основная ответственность за концепцию в целом (выраженную во многих книгах) и за используемые методы лежит именно на нем [А. А. Зализняк. Лингвистика по А. Т. Фоменко // «Вопросы языкознания», 2000].