Вы смешиваете синтаксическую роль (в данном случае это действительно приложение) и синтаксическую связь (здесь это примыкание).

Выражение «фото со вчера» является разговорным и не соответствует нормам литературного языка. В литературной речи корректно использовать выражения «фото вчерашнего дня» или «вчерашние фото». 

См. вопрос 294173.

Корректно: вреда.

Прилагательное неэкстренный словарями не фиксируется, но орфографисты сегодня рекомендуют слова со значением бинарного противопоставления (экстренные и неэкстренные вызовы) писать с не слитно, кроме тех случаев, когда правилами предусмотрено раздельное написание, например при противопоставлении (Это не экстренный вызов, а обычный).

В такой формулировке запятая не требуется. Однако мы рекомендуем заменить слова по подобию на по примеру или подобно (в этом случае оборот с подобно обособляется).

К сожалению, память Вас подводит. «Вся литература» вариант придти не могла использовать, т. к. «Правилами русской орфографии и пунктуации» 1956 года установлено написание прийти. Иными словами, после 1956 года правильно только прийти (конечно, нельзя исключать, что  в отдельных изданиях были ошибки). А вот в книгах, изданных до 1956 года, написание придти не редкость.

Напомним правило:

Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.

А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)

Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.