Верен второй вариант.
Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под ред. С. А. Кузнецова: раненый – имеющий рану, получивший ранение; рана – повреждение кожи или тканей тела от внешнего воздействия, поражения. Таким образом, речь не идет об обязательном ранении вследствие боевых действий, поэтому ошибочным подобное употребление считать нельзя. Но чаще таких людей называют не ранеными, а пострадавшими.
Категория переходности не зависит от контекста. Глагол хранить переходный.
Вне зависимости от способа расположения элементов перечня правильно так: включают... (что?): диагностику, проверку...
В общем-то это одно и то же.
Переносы используются.
Словосочетание гражданская война пишется строчными как родовое название, определяющее характер войны (в этой стране высока вероятность гражданской войны). С прописной пишется первое слово этого названия, если речь идет об историческом событии: Гражданская война в России 1918–1920, Гражданская война в США 1861–1865.
Запятая не нужна.
Три компонента слова могут быть соединены двумя дефисами: инди-поп-группа.
Обычно используется слово "учёт", обозначающее действие по глаголу "учитывать".