В Ваших примерах предпочтительно слитное написание. Но: проникнуть в глубь и в сущность.
Формально (с точки зрения «традиционной» академической грамматики) подлежащим в предложении является то, что выражено именительным падежом, а не то, что выражено формой косвенного падежа. В предложении Я люблю кофе подлежащее я, а кофе – дополнение; в предложении Мне нравится кофе подлежащее кофе, а мне – дополнение. Ср. такой пример: в предложении Саша не спит подлежащее Саша, а в предложении Саше не спится подлежащего нет, это односоставное предложение, а Саше здесь – второстепенный член предложения.
В то же время лингвисты – сторонники коммуникативного подхода к грамматическому строю русского языка (коммуникативная грамматика – относительно недавнее направление в лингвистической науке) скажут, что предложение Саше не спится – это инволюнтивная модификация обычного номинативно-глагольного предложения Саша не спит. Слово инволюнтивная означает, что грамматическое значение этой модификации – независимость предикативного признака от воли субъекта. Субъект же везде один – Саша. Предложение Мне нравится кофе тоже представляет собой модификацию (иного рода) предложения Я люблю кофе – в обоих случаях субъект – я, объект – кофе.
Название не склоняется в сочетании с родовым словом: в аэропорту Домодедово (названия аэропортов рекомендуется писать без кавычек). Если же родового слова нет, то нормативны оба варианта, склоняемый и несклоняемый: в Домодедове и в Домодедово. При этом склоняемый вариант соответствует строгой литературной норме (и рекомендуется, например, для речи дикторов). Подробнее см. в рубрике «1toponimy/">Азбучные истины».
Слитное написание правильно (после слова вопросов в предложении 1 запятая не нужна). Раздельно не с существительными пишется, только если есть противопоставление.
Правильно: на Украину, в Россию, на Кубу, в США, в Канаду. Сочетаемость предлогов в и на с определенными словами (в том числе географическими названиями) объясняется только традицией. В других языках такое тоже бывает.
Слова милостивый и юродивый – это исключения. Правило же таково: суффикс -ив- имеет на себе ударение (красивый, правдивый), в безударном положении пишется суффикс -ев- (сиреневый).
В данном случае правильным будет вариант: «организация передала в собственность городскому округу город Тобольск».
В правилах пунктуации предписаний по поводу двойных скобок нет. Конструкции, которые нуждаются в двух парах скобок, нежелательны. Часто можно заменить одну пару скобок на тире. Однако иногда двойные скобки встречаются в специальных текстах, например в академических правилах орфографии (см., например, здесь). В неофициальных ситуациях общения знак )) используется вместо улыбающегося смайлика. Но такое употребление, конечно, не регламентировано.
Основа слова – это часть слова без формообразующих морфем. Соединительная гласная формообразующей морфемой не является, поэтому в основу она входит. В «Русской грамматике» (М., 1980) сказано, что прерывистыми основами являются только основы, содержащие постфиксы (кроме -те), например: смотрелись (основа смотре...сь), какой-либо (основа как...либо) и под. При этом в школе довольно часто соединительную гласную не считают частью основы.
После того ответа написание в электронной версии словаря на нашем портале было исправлено. Но впоследствии Орфографическая комиссия РАН приняла решение всё-таки придерживаться дефисного написания. Оно обусловлено наличием в первой части компонента -лог-. Наличие этого компонента влияет на дефисное написание именно прилагательных, поэтому пишется геолого-разведочный (хотя геологоразведка), патолого-анатомический (хотя патологоанатом).
Сейчас в электронной версии словаря на нашем портале – дефисное написание, соответствующее решению Орфографической комиссии.