Верно: «Боинг» (марка самолета, название компании), компания «Боинг» и «боинг» (о самолете в бытовом употреблении: лететь на «боинге»). Кроме того, в последнее время словари допускают написание без кавычек в бытовом употреблении, поэтому не будет ошибкой и написание лететь на боинге.

Это неверное сочетание. Слово двое употребляется только с одушевленными существительными мужского и среднего рода (двое мальчиков) и с существительными, не имеющими единственного числа (двое саней). В данном случае верно: ...три статьи и два тезиса.

Второй вариант читается лучше.

Многие слова не подчиняются этому правилу, их написание определяется традицией и проверяется в словарном порядке.

Правильная форма родительного падежа мн. числа: притч.

Транскрипция – подлежащее, что такое – сказуемое.

В приведенных сочетаниях зависимое слово стоит в винительном падеже.

В этих сочетаниях местоимения стоят в форме винительного падежа.

Вы правы, при передаче устной речи вежливое вы, обращённое к одному человеку, принято писать со строчной буквы. Эта практика отражена, например, в многочисленных изданиях русской классической литературы.

Использовать ли в качестве вставной конструкции восклицательный и (или) вопросительный знаки, передающие отношение автора к высказанной мысли или ее оценку (удивление, недоумение, одобрение, сомнение, иронию и др.), — зависит от решения автора. 

Согласно правилам взаимодействия знаков препинания, точка, вопросительный и восклицательный знаки в предложении со вставной конструкцией в конечной позиции ставятся после закрывающей скобки, если относятся ко всему предложению в целом (см. пункт 4 параграфа 158 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Значит, если автор решил использовать в качестве вставной конструкции восклицательный знак, комментирующий, очевидно, слово трое, точку после скобки нужно поставить.