Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.

Лучше всего писать: трех фракций. Но если количественное числительное передается цифрой, то наращение не требуется: 3 фракций.

Если название Ванино употребляется без родового слова (поселок), оно склоняется: в Ванине. Подробнее см. в "Письмовнике".

Да, запятая в подобных случаях нужна: грудка цыпленка, фаршированная беконом и сыром; свинина, запеченная с томатами и грибами.

Мужская фамилия Быковец может склоняться с выпадением е (Быковца, Быковцу и т. д.) и с сохранением (Быковеца, Быковецу и т. д.). О предпочтительном варианте рекомендуем спросить носителя фамилии. Если это невозможно, лучше использовать второй вариант.

Женская фамилия Быковец не склоняется.

Можно найти аргументы в пользу обоих вариантов: с запятой и без нее. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

При подлежащем, выраженном сложным существительным, первую часть которого образует числительное пол- (полчаса, полгода и т. п.), сказуемое обычно ставится в форме единственного числа, а в прошедшем времени – в среднем роде, например: полчаса пройдет незаметно, полгорода участвовало в демонстрации; Полголовы уже осталось (Чехов). Но если при этих словах имеется определение в форме именительного падежа множественного числа, то и сказуемое ставится во множественном числе, например: Первые полчаса прошли незаметно; Остальные полдома уцелели от пожара.

Таким образом, верно: Полкласса получило пятерки. В составе слова пол- – это корень.

Запятая нужна.

Запятая после слова оплатой нужна.

Предложение построено корректно. Задыхаясь – обособленное обстоятельство (деепричастие относится к глаголу, хотя и находится не рядом с ним), мокрая от пота – обособленное несогласованное определение, которое относится к имени собственному.