Первое из приведенных предложений нужно отредактировать: Говорят, что они первые поселенцы и что сам правитель прислушивается к их советам; другой возможный вариант: Говорят, они первые поселенцы и сам правитель прислушивается к их советам. Второе предложение нужно оформить так: Знаю, что все мы пленники и нами управляют, как марионетками.

Переносить такие слова не рекомендуется. 

Обособление подобных обстоятельств возможно, но не обязательно. см. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В академической «Русской грамматике» 1980 г. слово зато, наряду со словами ведь, иначе, поэтому и многими другими, отнесено к «аналогам союзов», которые могут выполнять союзную функцию. В параграфе 1673 читаем: «Многие из таких аналогов широко употребительны в качестве конкретизаторов при семантически недифференцированных союзах: и вдобавок, да еще, а значит, и наоборот, а потому, а следовательно, но зато, но только, или иначе». 

Обстоятельственный оборот с производным предлогом в целях в начале предложения нужно было бы обособить, если бы требовалось обозначить его границы, чтобы предложение не выглядело двусмысленным, сравним пример с другим производным предлогом: Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ. – Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ (см. «Справочник по пунктуации»). В приведенном Вами предложении подобных разночтений нет, а потому для постановки запятой нет оснований.

Запятая перед союзом и нужна. Придаточная часть Вместо того чтобы объяснять каждую деталь о яблоках и бананах относится только к первой части сложносочиненного предложения (вы показываете ему множество примеров). Вторая часть (он начинает их сам различать) содержит следствие первой и повествует о другом «действующем лице».

Сотрудники, судя по всему, назначаются для обеспечения доступа (в помещение), а потому нужно использовать форму родительного падежа: Прошу Вас назначить ответственных сотрудников для участия в обследовании жилого помещения и обеспечения доступа (вскрытие входной двери) по вышеуказанному адресу.

После последнего однородного члена предложения, присоединяемого противительным или подчинительным союзом и не заканчивающего собой предложения, запятая не ставится, то есть он не обособляется: Он помог сотням, если не тысячам человек.