Здесь действует следующее правило.
При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.
Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).
Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.
Запятая ставится.
Пунктуация верна.
Таковы правила склонения числительных: порядковое числительное 2000-й является сложным, а 2002-й — составным.
Запятая перед подчинительным союзом как будто нужна. Если есть намерение акцентировать особенности речи субъекта, обозначенного местоимением он, нужно добавить в главную часть соотносительное слово, на которое будет падать логические ударение, например: Он говорил с ними так, как будто без охоты возился с детьми.
Правильно: альтернатива чему. Верный вариант: ...как альтернативы частному автотранспорту.
Запятая нужна.
Запятая не нужна.
Обособление не требуется.
Корректно: Хотели как лучше, а получилось как всегда. Сравнительный оборот тесно связан по смыслу со сказуемым, поэтому отсутствует обособление.