Правильно: на учёт поставлен 2 000 981 гражданин.  

Выделение пояснительных конструкций запятыми, конечно, корректно, однако в случае, если в состав пояснительной конструкции включена вводная, лучше обозначить границы пояснительной конструкции с помощью тире: ...а Таузенду — алхимику и пророку изящных господ, как зовёт его Вернер Рихтер, — удалось надуть не абы кого, а самого Людендорфа, отставного генерал-квартирмейстера Вильгельма II.

Здесь сочинительный союз или соединяет два вопросительных предложения, а потому запятая действительно не нужна, как в примерах типа Где будет собрание и кто его председатель? и Вы придёте ко мне или мне прийти к вам? Но нельзя не отметить, что приведенное Вами предложение, в отличие от этих примеров, в коммуникативном плане распадается на два высказывания, первое из которых содержит вводное сочетание ты говоришь, служащее сигналом адресату, чтобы тот подтвердил сказанные им же слова, а второе произносится «вдогонку» к первому. Более естественным будет оформление частей как отдельных предложений: В доме, ты говоришь, никого нет? Или я ошибаюсь? Сравним без вводной конструкции в первой части: В доме никого нет или я ошибаюсь?

Для постановки запятой нет оснований.

Знаки препинания в приведенном предложении расставлены корректно. Тире отделяет пояснительную конструкцию, запятая ставится перед придаточной частью сложноподчиненного предложения, двоеточие выражает отношения пояснения в бессоюзном сложном предложении.

Формулу этикета лучше выделить в самостоятельное предложение: Доброе утро! Нас встречает [Имя Фамилия].

Из этимологических словарей следует, что слова сокровенный и кровь не родственные. 

Причастный оборот лучше максимально приблизить к определяемому слову: ...порядок организации проведения верификации и технического контроля качества печатных плат, изготовленных по внешней кооперации, в АО «Ромашка». 

Запятая уместна, так как в этом предложении союз или пояснительный: равен по значению к то есть.

Сами по себе такие конструкции, в которых придаточная часть сложноподчиненного предложения выполняет функцию сказуемого при подлежащем, выраженном формой именительного падежа существительного, корректны с точки зрения русского языка, однако имеют яркую разговорную стилистическую окраску. Если мы пытаемся объяснить какое-либо понятие «простым языком», такие фразы уместны, но их едва ли можно назвать определениями, так как определение предполагает использование научного стиля.