Корректно: в граде Владимире.  

В этом предложении знаки препинания расставлены правильно. Запятая стоит перед и, так как в предложении две грамматические основы: мы писали и я допустила. Обстоятельственный оборот с предлогом несмотря на обычно обособляется, за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу.

Запятая в этом предложении не нужна.

Сочетание атака по кому-чему не редкость в языке средств массовой информации, однако нормативным является управление атака на кого-что и атака против кого-чего.

Правильно: жил в квартире на Большой Садовой.

Употребление предлога над в этом случае вполне корректно. Сочетание водрузить знамя на Рейхстаг более многозначно, оно допускает разные варианты размещения знамени на здании. Использование предлога над более конкретно определяет место знамени — в высшей точке, над крышей здания.

Предложения такой структуры, как Ваше, в правилах пунктуации не описаны. Полагаем, что запятая не нужна, как и в случаях, когда в качестве однородных членов выступают наречие и деепричастие (или деепричастный оборот), ср.: К дверям кабинета все подходили обыкновенно перешёптываясь и на цыпочках; Тот ему отвечал не смущаясь и откровенно. 

Автор неправ.

Конечно, мягкий знак не нужен. Возможно, редактора сбивает с толку тот факт, что это безличный глагол? Но по отношению к безличным глаголам действуют те же правила: мягкий знак пишется в неопределенной форме, отвечающей на вопрос что делать? (нездоровиться), и не пишется в форме, совпадающей с формой 3-го лица ед. числа: кому-либо нездоровится.

В словарях ударений слово скрипт пока не зафиксировано. Но в некоторых толковых и орфографических словарях отмечается, что ударение в формах этого существительного должно сохраняться на основе (скрИпта, скрИпту). По Зализняку это та же модель, что и у слова завод. Ей же соответствуют другие слова мужского рода, оканчивающиеся на пт, например: рескрипт, манускрипт.