Корректно: 1. Однако ночь приходит вновь и растворяет волшебство дня. 2. Он был слишком молод, неспособен подойти к ситуации серьёзно. 3. Я не знаю, люблю ли я сильнее кошек или собак. 4. Я не знаю, нравятся ли мне больше собаки или кошки.

Ответы на вопросы о том, в каких случаях нужно ставить запятые, Вы найдете в справочнике по пунктуации. 

Запятая не нужна в том случае, если предложение и они способны на поступки, противоречащие истине и противные Богу относится как придаточное к глаголу понимают (понимают, 1) что их человечность плоха; 2) что их характер действительно развращен; 3) что они способны на поступки...). Обратите внимание на нарушения лексической сочетаемости в выражениях человечность плоха, характер развращен; поступки, противоречащие истине. 

Прилагательное многовидовой в нормативных орфоэпических словарях не представлено, однако в них есть слово видово́й, ударение в котором падает на последний слог, в том числе и в случае, когда прилагательное образовано от существительного вид в значении  'разновидность, тип'. В слове мно̀говидово́й основное ударение падает на последний слог, а побочное — на первый. 

Приведенные предложения относятся к одному и тому же типу: это сложносочиненные предложения с союзом и. Соответственно, запятая нужна в том и в другом — по формальному принципу. Впрочем, предложение, в обоих частях которого описываются погодные явления, выглядит неестественно без общего для этих частей обстоятельства, отменяющего постановку запятой, сравним: К вечеру пошёл (сильный) дождь и поднялся (холодный) ветер. 

Кавычки уместны, если нужно обратить внимание адресата текста на необычное употребление слова или если нужно употребить это разговорное слово в нейтральном контексте.

Кавычки можно не ставить в тексте для подготовленного читателя (например, в издании для владельцев собак), если нет сомнений в том, что слово будет понятно читателю и без кавычек, и если стиль текста дает возможность употреблять разговорные слова.

Знаки препинания расставлены верно: О том, как отразилось в организме новотельных коров вскармливание им в сухостойный период добавки «Танамин Zn», включающей в себя лизин, метионин, хелатное соединение цинка и экстракт древесины сладкого каштана, можно судить по материалам, изложенным в данном разделе.

Запятая перед словом как разделяет части сложного предложения; запятая перед словом изложенным выделяет причастный оборот.

Суффикс -т- образует причастия от небольшой группы глаголов, в том числе от односложных и производных с приставками (бить — битый, отбить — отбитый), от глаголов с конечным сочетанием -оть (полоть — полотый), от слов с суффиксом -ну- (откинуть — откинутый), а также от глаголов с фрагментом -ереть (тереть — тертый). Образование форм причастий можно проверить по словарям и справочникам.

Форма самоё — это форма винительного падежа единственного числа от местоимения сама. Старое самоё — это современное саму, что в данном случае явно не подходит. В тексте же представлена форма местоимения самый в устаревшем ныне употреблении, близком употреблению современного сам. Ср. в той же книге: …да и самый факт возможного убийства Чумаковой ничем не подтверждался…

Спорить по поводу орфографической нормы бессмысленно — ее нужно просто знать. Современные нормативные словари, в том числе и Орфографический словарь русского языка как государственного языка Российской Федерации, фиксируют только написание оперативно-разыскной. В тексте диссертации следует соблюдать орфографические нормы, однако вполне уместно будет примечание типа «в оригинале документа используется иное написание: закон „Об оперативно-розыскной деятельности“».