Правила согласования сказуемого с подлежащим можно посмотреть в «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» (Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П.).

В этом предложении сущ. простокваши является прямым дополнением в родительном падеже. Дело в том, что прямое дополнение имеет одну основную форму (винительный падеж без предлога: дали простоквашу) и две добавочных. Первая из них — родительный падеж со значением части (дали чего? простокваши, молока). Эта форма передает тот дополнительный оттенок смысла, что речь идет не обо всей простокваше или не обо всем молоке (которое есть, например в бидоне), а только о части его или ее. Вторая из них — родительный падеж при отрицании: Я читал этот роман (В. п.) — Я не читал этого романа (Р. п.).

Никакой уловки, чтобы «сделать скороговорку», здесь, как видите, нет, «сложившееся произношение» здесь тоже ни при чем.

Кстати, подозревать в форме простокваши в этом предложении именительный падеж на том основании, что правильный вопрос дали что?, неверно. Если ставить неполные вопросы (то есть или кто?, или что?), вы никогда не научитесь различать И. п., Р. п. и В. п. Помогают только полные вопросы: кто, что? (И п.), кого, чего? (Р. п.), кого, что? (В. п.).

Вы не вполне правы: Он не должен был реагировать на происходящее, как клиент (= Будучи клиентом, он вообще не должен был реагировать на происходящее) — Он не должен был реагировать на происходящее как клиент (= Он не должен был реагировать на происходящее так, как отреагировал бы клиент (здесь является сказуемым всё сочетание реагировать как клиент), а должен был бы реагировать каким-о иным образом).  

Варианты различаются по значению. Вариант проверка деятельности предприятия в истекшем периоде 2014 года может означать и то, что проверяют деятельность предприятия, относящуюся к данному периоду, и то, что сама проверка проводится именно в этом периоде. Вариант проверка деятельности предприятия за истекший период однозначно указывает на то, что проверяется деятельность предприятия, относящаяся к данному периоду. Поэтому для устранения двусмысленности лучше использовать именно этот вариант.

Второй вариант, возможно, и нагружает текст визуально, зато однозначно показывает, что части предложения связаны друг с другом. Другие варианты показывают это не столь однозначно. 

Кавычки были бы уместны, но возможны и другие способы выделения (например, курсив или подчеркивание).

Это решение принято редакторами словаря, не редакцией портала. Решение оправданное: род аббревиатуры определяется по родовому слову: БАД - добавка, женский род. Но, как Вы справедливо замечаете, могут быть и исключения.

Пунктуация корректна.

Вероятно, с этим вопросом лучше всё же обратиться к руководству Московского метрополитена. Грамматически верны обе фразы.

Да, все верно.