Повтором можно считать такое сочетание: суп дня... каждый день. Но грубой ошибки нет.
В подобных конструкциях предпочтительно ставить запятую. Но, думаем, вариант с тире тоже допустим.
Канцелярской норме соответствует вариант с кавычками. Но, откровенно говоря, нам кавычки кажутся лишними.
Не ищите во всем логику. Сложившаяся литературная норма: молоть, но мелю, мелет, мелют.
Строгая грамматическая норма: носков, но в последнее время словарями допускается и вариант носок.
Сочетание корректно. Сюрприз, в отличие от сувенира, должен быть неожиданным, но необязательно незабываемым.
Пунктуация корректна, но с точки зрения стилистики фразу лучше разбить на несколько предложений.
Это слова этимологически родственные, но в современном русском языке они однокоренными не являются.
В Ваших примерах предпочтительно слитное написание. Но: проникнуть в глубь и в сущность.
Правильно: заведующая отделом такая-то. Но: заведующим отделом назначена такая-то. Допустимо: она работает заведующим.