Правилен первый вариант. Числительные два, три, четыре (в том числе в составных числительных) в им. падеже требуют постановки после себя существительного в форме род. падежа ед. числа. С числительными от пяти и далее используется форма род. падежа мн. числа.

В предложениях, где подлежащее выражено сочетанием со словом несколько, сказуемое ставится в форме множественного числа, если обозначает активное и раздельное действие, в единственном — если пассивное состояние или совместное действие. В данном случае требуется форма единственного числа: возникло несколько вопросов.

Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).

А какого пола это животное? Мягкий знак после шипящих пишется на конце форм именительного падежа единственного числа существительных женского рода 3-го склонения (ср. мышь) и не пишется на конце форм именительного падежа единственного числа существительных мужского рода 2-го склонения (ср. ёрш).

Слова кура в русском литературном языке не существует. Есть существительное курица, представленное 12 словоформами. Словоформы единственного числа образованы от основы куриц-: курица, (нет) курицы, курицу и т. д. Словоформы множественного числа образованы от основы кур-: куры, кур, курам и т. д.

У А. П. Чехова здесь употребляется множественное число: Если светит солнце и на небе нет облаков, то пение и запах сена чувствуются сильнее... Но и форма единственного числа не будет ошибкой. При однородных подлежащих сказуемое может стоять в форме единственного числа.

Двухсотпятидесятисемиугольник — это одно слово. В им. падеже в слове выделяется нулевое окончание, в косвенных падежах ед. числа и во всех формах мн. числа окончание выражено материально, ср.:
двухсотпятидесятисемиугольник-Ø,
двухсотпятидесятисемиугольник-а,
двухсотпятидесятисемиугольник-у и т. д.;
двухсотпятидесятисемиугольник-и,
двухсотпятидесятисемиугольник-ов и т. д.

Если при иноязычной фамилии имеются два мужских имени, то она ставится в форме множественного числа: по определению братьев Жюля и Эдмона де Гонкуров. Но при отсутствии имен: по определению братьев де Гонкур (при слове братья фамилия обычно ставится в форме единственного числа).