Рекомендация писать со строчной основана на следующем правиле: в форме множественного числа названия органов власти, учреждений и т. п. пишутся со строчной буквы (см.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2007). На наш взгляд, рекомендация, приведенная в справочнике Д. Э. Розенталя, не вполне оправданна: прописная буква – маркер имени собственного, т. е. индивидуального названия предмета. Употребление в форме множественного числа превращает собственное наименование в нарицательное, поэтому прописная буква заменяется строчной.

Лысый — относительное прилагательное, поэтому в нормативном языке оно не имеет степеней сравнения. Однако окказионально они могут использоваться, например: Генерал пренебрежительно отвернулся, а лицо дивизионного врача стало еще унылее, голова еще лысее… [В. В. Вересаев. На японской войне (1907)]; В сети также предположили, что власти украсили город подобным образом, так как участвуют в соревновании, в котором определяется, «кто лысее елочку установит» [Жители российского города высмеяли «лысую» елку // Lenta.ru, 16.12.2020]. 

Рекомендации лингвистов таковы. Правительство пишется с прописной буквы как первое слово официального названия руководящего органа исполнительной власти в Российской Федерации (а также в республиках – субъектах Российской Федерации): Правительство Российской Федерации, Правительство Республики Дагестан, Правительство Удмуртской Республики. Но: правительство Москвы, правительство Санкт-Петербуга, правительство Свердловской области. Правда, на практике в официальных документах слово Правительство пишется с прописной независимо от того, о правительстве какого субъекта Федерации идет речь.

При неофициальном употреблении (например, в газетной статье) правильно написание со строчной (если, конечно, это не публикация официального документа).

Правило, приведенное в ответе на вопрос № 289409, распространяется на названия органов власти, учреждений, организаций, научных, учебных и зрелищных заведений, обществ, политических партий и объединений (см. Полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина) и не распространяется на географические названия. М. А. Булгаков создавал «Белую гвардию» в первой половине прошлого века, когда многие орфографические тенденции еще только формировались и не были закреплены в правилах. Издатели, по-видимому, решили сохранить авторскую орфографию как свидетельство ее истории, как авторский прием. 

Предложенные Вами написания нормативными не являются. 

Учитель прав. Здравствуй(те) и извини(те) могут быть междометиями (см. ресурс «Проверка слова») и формами повелительного наклонения глаголов здравствовать и извинить (здравствуйте долгие годы, извините меня).

Строго говоря, при такой формулировке задания, которую приводите Вы, выписывать эти слова было не нужно, т. к. в словаре слова даются в своей начальной форме (для глаголов это форма инфинитива: здравствовать и извинить). Раз в словаре даны формы здравствуй и извините, следовательно это междометия. Но знание таких тонкостей вряд ли можно требовать от учеников 4-го класса.  

Изначально гражданский брак – брак, оформленный в органах государственной власти без участия церкви (в противоположность церковному браку – бракосочетанию, заключенному в церкви в соответствии с религиозным обрядом). Иными словами, гражданским браком правильно называть союз мужчины и женщины, оформленный в установленном законом порядке – через органы ЗАГС (но без религиозного обряда).

Однако в современном русском языке сочетание гражданский брак получило новое значение (уже зафиксированное словарями): «не оформленный официально союз мужчины и женщины», т. е. оно выступает как синоним (своего рода эвфемизм) понятий фактический брак, сожительство.

В географических и административно-территориальных названиях — названиях материков, морей, озер, рек, возвышенностей, гор, стран, краев, областей, населенных пунктов, улиц и т. п. — с прописной буквы пишутся все слова, кроме родовых понятий (остров, море, гора, область, провинция, улица, площадь и т. п.), служебных слов, а также слов года, лет).

Таким образом, верно: сквер Двенадцати Лучей (если речь идет о московских Кузьминках, то официальное название: парк Двенадцати Лучей).

Слово имени в подобных случаях выступает в роли предлога (то есть служебного слова) и поэтому пишется с маленькой буквы. 

В разных словарях даны разные варианты: Крез и Крёз. В «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка вариант Крёз сопровождается пометой, указывающей, что этот вариант не соответствует основному литературному узусу и представлен лишь в речи людей, связанных по роду своей деятельности с данной областью знаний, или в речи части специалистов-филологов. Таким образом, для профессионалов (историков и филологов) это Крёз, а для широкого круга носителей языка Крез. Думаем, что на уроке в 5-м классе царя вполне можно называть Крезом, т. к. именно этот вариант привычен большинству говорящих по-русски.

В словарях русского языка существительное корабль толкуется следующим образом: «крупное морское судно, а также военно-морское судно любого класса» (Словарь русского языка под ред. А. П.  Евгеньевой – МАС); «морское судно (первоначально парусное; сейчас преимущественно о военных судах, а также о многомачтовых парусных судах с прямыми парусами)» (Толковый словарь русского языка С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой). Обратим внимание на формулировки: «а также военно-морское судно»; «преимущественно о военных судах». Но не «исключительно о военных судах». Это означает, что запрета на употребление слова корабль по отношению к гражданским судам нет. «Титаник», безусловно, можно назвать кораблем.

К сожалению, смысл предложения не вполне понятен. Почему в однородном ряду оказались слова страна и область? О какой области идет речь? К чему относится в частности? Предположим, что к обороту к инфекции COVID-19, тогда запятую нужно перенести: ...проводится изучение популяционного иммунитета страны, в частности к инфекции COVID-19. Если речь и дет о проекте, который стартовал недавно, то логичнее в придаточной части поставить глагол в форму будущего времени (Был дан старт проекту, в рамках которого проведут изучение...) или отметить, что исследование началось (Был дан старт проекту, в рамках которого начато изучение...).