В слове «шишек» (мн. ч., р.п.) нулевое окончание. 

В словаре А. А. Зализняка в разделе  "Сокращенная запись глагольной парадигмы и восстановление остальных форм по этой записи" указывается, что форма повелительного наклонения ед. ч. получается из формы 3 л. мн. ч. настоящего/будущего времени "заменой окончания -ут, -ют, -ят или -ат на -и (после согласной) и -й (после гласной)". Выбрав по индексу нужный образец спряжения, получаем: подым-ут – подым-и (глагол подъять); подним-ут – подним-и (глагол поднимать).

Глаголы имеют одинаковое значение, но глагол подъять не является стилистически нейтральным. Уже в словаре Ушакова, который отражает нормы русского литературного языка 40-х годов XX века, формы этого глагола имеют пометы устар. (устаревший), простореч. (просторечный). В "Большом толковом словаре русского языка" (под ред. С. А. Кузнецова) глагол подъять характеризуется как разг. (разговорный). В связи с этим употреблять этот глагол следует только в речевых ситуациях, допускающих использование стилистически окрашенной лексики. Тем не менее формы глагола подъять, в том числе формы повелительного наклонения, можно встретить в художественной литературе, где они вполне уместны.
Ну, прощай, Марфуша, подыми меня (Ф. Достоевский).

Я тебя выучу. Подыми перчатку, холуй! (А. Куприн).

Выражение «в том числе» в данном предложении не выделяется запятыми.  

Приведенная Вами фраза не является предложением, поэтому невозможно ответить на вопрос о пунктуационном оформлении. 

Это подлежащее. 

Нормативными словарями современного русского языка это слово не зафиксировано, однако орфогрфафическим тенденциям соответствует написание фетучини. 

Корректно: перец чили. 

В нормативных словарях современного русского литературного языка зафиксированы только глаголы накупить и понакупить. 

Приведите, пожалуйста, пример такого текста.

С исторической точки зрения это однокоренные слова.