Эти слова синонимами не являются. Мерин – это кастрированный конь. То есть слово конь обозначает некий класс предметов, а слово мерин – элемент этого класса. Слова, значения которых соотносятся таким образом, в лингвистике называют гиперонимами и гипонимами соответственно. Другие примеры: дерево и береза, птица и воробей. 

Если имеется в виду, что не позднее 10 числа должна быть произведена оплата (а не выставлен счет), то части предложения следует поменять местами: Оплата по настоящему Договору производится Заказчиком ежеквартально, не позднее 10 числа первого месяца расчетного квартала, авансовым платежом на основании выставленного счета.

Правилен второй вариант. Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы. Ср. с примером из справочника Д. Э. Розенталя  «Современный русский язык. Пунктуация» (М., 2002):

— Скорей, загорелась школа!  — И он побежал по домам будить людей.

Если название употреблено в качестве товарной марки (например, в надписи на этикетке, ценнике), то оно пишется в кавычках с большой буквы: сыр "Чечил", сыр "Брынза", сыр "Моцарелла". В бытовом употреблении названия сыров пишутся с маленькой буквы и без кавычек: сыр чечил, сыр брынза, сыр моцарелла.

Возможны варианты пунктуации. В этом предложении может не быть никаких знаков препинания (кроме точки в конце предложения). Но если автор хочет выделить слова даже на невысокой скорости, обратить на них внимание читателя, передать соответствующую интонацию, то он вправе обособить эти слова (запятыми, тире или скобками).

Это предложение с прямой речью. Правило таково: если прямая речь оказывается внутри слов автора и в месте разрыва слов автора была необходима запятая, то она ставится после прямой речи.

Верно: После того как он мне сказал: "Я люблю тебя", я решил больше не писать ему.

Так Вам и нужно принять решение: склонять фамилию как русскую на -ин (с Берлиным) или склонять как мужскую иноязычную (с Берлином). Ср.: с Чаплиным (Всеволодом) и с Чаплином (Чарли).

Если женская фамилия Берлин (не Берлина), то соответствующую мужскую корректно склонять как иноязычную (с Берлином).

Если личные окончания глагола ударные, то спряжение определяется по окончаниям, при этом не имеет значения, какой гласный в неопределенной форме глагола. Глагол кипеть относится к II спряжению (кипишь, кипят). К тому же спряжению относится и производный от него глагол выкипеть. См. также «Горячие вопросы».

Оборот в связи с этим обособлять не нужно. Если второе полугодие 2016 г. – это и есть отчетный период, то лучше так: В связи с этим ввод данных в ГАС Управление за следующий отчетный период (2-е полугодие 2016 г.) станет доступен с 01.01.2017. 

Дисциплина – это отрасль научного знания, учебный предмет. Вряд ли можно говорить о сдаче нормативов по русскому языку, по физике или математике. Поэтому предложенное Вами сочетание с любым предлогом неудачно. Если речь идет о видах спорта, то правильно: сдать нормативы по бегу, плаванию и т. п.