Здесь действие, названное оборотом исходя из них, соотносится с действующим лицом («мы исходим из целей и планируем задачи»), а потому оборот обособляется: Мы ставим цели на один год и, исходя из них, планируем задачи на каждый квартал.

В этом предложении приложение с союзом как нужно обособить: оно имеет отчетливое обстоятельственное значение уступки (=«хотя он руководитель высокого ранга»).

Запятые поставлены верно, если смысловые акценты высказывания выражает именно причастный оборот. Если контекст таков, что важно подчеркнуть признак «стояла», то поставьте запятую перед причастным оборотом.

Предложение построено правильно. Деепричастие несовершенного вида может употребляться при глаголах-сказуемых в форме любого времени.

Сам по себе союз как не требует постановки запятой. Запятыми выделяются сравнительные обороты с этим союзом и придаточные части сложного предложения. Запятые не ставятся, если сравнительный оборот входит в состав сказуемого, если сравнительный оборот представляет собой фразеологизм, а также в некоторых других случаях (эти случаи перечислены во всех справочниках по правописанию).

По общему правилу обособление оборота с предлогом наряду с... факультативно или зависит от условий контекста. В конце предложения этот оборот чаще не обособляется. В данном контексте можно усмотреть пояснительный или присоединительный характер этого оборота. В таком случае его желательно отделить с помощью тире: Казань также вошла в тройку лидеров по числу ранних бронирований на Новый год — наряду с Санкт-Петербургом и Москвой.

Обороты, состоящие из существительного с предлогом, в целом не нуждаются в обособлении. Однако в некоторых случаях эти обороты выполняют особую функцию. Например, сочетание по прогнозам ученых из приведенного Вами предложения относится к группе вводных конструкций, указывающих на источник сообщения, и, соответственно, должно быть обособлено. 

В данном случае отсутствие знака - авторская пунктуация. Именно поэтому в диктанте этот случай не выделяется как орфограмма.