Такая логика губительна для правописания. Правила написания не со словами разных частей речи и без того непросты и не нуждаются в дальнейшем усложнении (к тому же искусственном, никак не опирающемся на практику письма). Аналогии с правилами написания не с прилагательными не видим: у Вас в обоих примерах отрицание действия, а не утверждение.

Теперь ответить на этот вопрос можно не так, как мы отвечали раньше. В 2024 г. в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, разработаны новые способы подачи названий, которые употребляются на письме в двух формах – официальной и неофициальной. Официальная форма названия определяется в соответствии с юридической фиксацией (в Конституции Российской Федерации, федеральном законе, положении об организации, уставе) и обозначается пометой офиц. (официальное).

Названия, отмеченные пометой офиц., используются, как правило, в текстах официальных документов – Конституции Российской Федерации, федеральных законах, указах, приказах, официальной переписке и под., а также в информационных сообщениях СМИ, ссылающихся на официальный источник информации. В других типах текстов использование официальной формы написания не запрещается, оно допустимо, если отвечает намерениям автора и характеру написанного. В свою очередь второе написание, не сопровождаемое пометой офиц., является широкоупотребительным, также правильным, но неофициальным. Оно уместно за рамками официальных документов и официальных сообщений СМИ. См. об этом подробнее здесь: О подаче названий различного юридического статуса и применении пометы официальное.

Теперь «Академос» фиксирует:

Вое́нно-Морско́й Фло́т (в Вооруженных силах Российской Федерации, офиц.) и Вое́нно-морско́й фло́т (в Российской Федерации) 

вое́нно-морско́й фло́т (у страны́ си́льный вое́нно-морско́й фло́т) 

Вое́нно-Морско́й Фло́т СССР

Не только в официальном названии Бельгии употребляется форма родительного падежа (Королевство Бельгии), то же самое – в официальных названиях Нидерландов и Великобритании (Королевство Нидерландов; Соединенное Королевство Великобритании и Северной Ирландии). Хотя большая часть названий королевств – в именительном падеже: Королевство Норвегия, Королевство Швеция, Королевство Испания и др.

Почему Бельгия и Нидерланды выбиваются из этого ряда, вопрос интересный. Возможно, это связано с традицией употребления, наименованием в языке-источнике, а может быть, и с федеративным устройством этих государств: обычно названия, в которых присутствует форма родительного падежа, характерны для федеративных государств, ср.: Соединенные Штаты Америки, Соединенное Королевство Великобритании и Северной Ирландии (Бельгия – тоже федерация, состоящая из двух сильно отличающихся друг от друга регионов – Фландрии и Валлонии).

Употребление пока не устоялось, можно найти доводы в пользу обоих вариантов.

Элемент -фикация обычно присоединяется без соединительной гласной к предшествующей основе, оканчивающейся на И:

аммонификация, -и

амортификация, -и

амплификация, -и

атомификация, -и

аутентификация, -и

аэроионификация, -и

базификация, -и

беатификация, -и

бонификация, -и

верификация, -и

и т. д.

1. Можно назвать это согласованием.

2. К сожалению, без текста и точной формулировки вопроса мы не можем Вам ответить.