Мы не можем запретить исследователям ссылаться на ответы "Справочного бюро" в научных работах. Выбор формулировки - за Вами.

По своему жанру инструкция - это канцелярский, а не научный текст.

Корректно: Площадь трубы круглого сечения должна соответствовать тем же значениям, что и прямоугольного.

Сочетание в свою очередь в функции обстоятельства имеет значение «со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь» (Например: Я в свою очередь протянул ей руку и на этот раз крепко пожал ее холодные пальчики. И. Тургенев, Ася). В тексте о подобном речь не идёт (как верно замечено, субъекты не полемизируют друг с другом прямо), а значит, сочетание в свою очередь указывает на отношения между высказываниями и является вводным. 

Общую рекомендацию дать нельзя. Выбор написания будет предопределяться в каждом конкретном случае контекстом: в одном случае переводная фраза может осмысляться как название, в другом — как толкование значения. В первой приведенной Вами фразе видится возможным двоякое осмысление и, соответственно, написание: Японию часто называют Land of the Rising Sun — Страна восходящего солнца (название) и Японию часто называют Land of the Rising Sun — «страна восходящего солнца» (= что означает...). Во втором примере вводится переводное название, которое оформляется кавычками: американская компания Apple (в переводе — «Яблоко»). 

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Имя человека не искажено, словари фиксируют фамилию как Острови́тянов. Но, став географическим названием, слово начинает новую жизнь. В географическом названии закрепилось иное ударение. 

Строй простых предложений в составе сложного в данном случае не влияет на постановку запятой. Запятая нужна: Сейчас паек давать стали хороший, и хочу поэтому взять свою дочку.

Теоретически здесь возможны варианты написания в зависимости от смысла, который вкладывает автор текста. Наиболее вероятный вариант: Так же, не чиня грабежей, шли... (в значении 'Точно так же, то есть не чиня грабежей, шли...')

Очень интересные наблюдения, спасибо! Насколько нам известно, слово внезапно в таком прагматикализованном употреблении пока не становилось объектом исследований лингвистов. Судя по всему,  иронический оттенок, о котором Вы пишете, оно приобрело в начале 2010-х, став «словом-мемом».