Поскольку дословно приведенная фраза является членом предложения (в данном случае приложением к существительному словами), то двоеточие перед ней ставить не нужно: Ты последний человек, которому я отправил имейл со словами «Я опаздываю».

Это сочетание именно с таким порядком слов не кодифицировано в нормативных источниках. Для ответа на вопрос о прописной/строчной важно знать, в каком значении и контексте используется данное сочетание (это имя сказочного персонажа или просто обозначение уродливой злой старухи) и, если это имя персонажа, с какой целью разрушается традиционный порядок слов в нем.

В словаре В. И. Даля зафиксировано: «ЯГА или яга-баба, баба-яга, ягая и ягавая или ягишна и ягинична, род ведьмы, злой дух, под личиною безобразной старухи». В данном контексте яга-баба пишется строчными как имя нарицательное. Но словарь Даля не является нормативным справочником по современному русскому языку.

Корректно дефисное написание: аgile-подход, аgile-методология.

Запятая нужна, так как эллиптическое предложение о чем ты — придаточное: Понятия не имею, о чем ты. О подобных случаях см. пункт 2 параграфа 33.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Да, в данном предложении запятая необходима. Запятая ставится для отделения придаточного предложения. Правильный вариант: "Чтобы войти в систему, необходимо изменить пароль". 

В вашем примере запятая перед тире нужна. 

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются в тех случаях, когда род обобщающего нарицательного слова и род топонима не совпадают. Здесь именно такой случай: село — средний род, Лариха — женский род. Лучше поэтому не склонять: в селе Лариха.

Выделение постопозитивного определения обязательно: мышца, поднимающая лопатку. 

Слова полицентрический и полицентричный являются словообразовательными синонимами.

Правильно: Подать ходатайство председателю комиссии.