В документах и научных работах нарицательное слово, которое указывает на определенный, названный ранее полно документ, пишут с прописной буквы довольно часто. Прописная выполняет здесь ту же функцию, что и определенный артикль. Однако такое употребление не предусмотрено правилами русской орфографии. Полагаем, что в Вашем примере достаточно указания на номер модуля, прописная буква не нужна.   

Знак мягкости ставится, чтобы показать качество звуков: [ч'], [щ'], [й']. Обычно это делают в учебной литературе для наглядности. Однако есть и другой подход: мягкость не показывают, поскольку у звуков [ч], [щ], [й] нет твердых пар, а значит, обозначение мягкости избыточно. Такой подход применим в текстах для читателей подготовленных, твердо знающих о качествах звуков русского языка.

Полагаем, что в таких случаях (– Если бы ты был здесь, тебя бы схватили. – Роксана выдала это без тени сомнения.) уместно оформление авторских слов как отдельного предложения, на самостоятельность которого указывает и присутствие в нем слова это. Ср.: – Если бы ты был здесь, тебя бы схватили, – без тени сомнения выдала Роксана.

Запятая в скобках нужна. Чтобы показать, что вторая и третья часть конструкции в равной степени обозначают следствия из первой, эту первую часть лучше оформить как самостоятельное предложение: Они обладают удивительной способностью приспосабливаться к обстоятельствам. Этим объясняется их возраст, и поэтому они встречаются на всех континентах. Добавим, что способность рекомендуется заменить на свойство, чтобы избежать тавтологии.

Слово терапия должно быть как-то выделено: нужно показать, что речь идет не о терапии как о лечении, а о самом слове терапия. Выделить можно кавычками, курсивом, цветом и т. д. Например:

Терапия в переводе с греческого языка означает 'уход, лечение'.

«Терапия» в переводе с греческого языка означает 'уход, лечение'.

Знак ударения над словом что традиционно используется, чтобы показать: перед нами относительное местоимение что (на которое падает логическое ударение), а не союз что, который просто присоединяет придаточное предложение. Ср.: Я не знал, что он мне ответит (=не знал, что ответ последует). Я не знал, что́ он  мне ответит (=не знал, каким будет ответ; ударение на что). 

При таком пунктуационном оформлении фрагмента не показана связь между свойствами обладает особым даром и проживает несколько жизней. Если это замысел автора, то именно так и нужно расставить знаки препинания. Если же есть намерение показать эту связь, необходимо представить фрагмент как бессоюзное сложное предложение с пояснительными отношениями: Главная героиня нашей повести обладает особым даром: она проживает несколько жизней.

Интересно, как это название склоняют его авторы. Поселок должен быть удобен для жизни, а его название — для употребления в речи. Полагаем, что в текстах документов название лучше предварять родовым наименованием коттеджный поселок и не склонять. В неофициальной речи без родового наименования возможно склонение последнего компонента названия, если оно образовано по модели иностранных топонимов типа Порт-Анджелес, Порт-Саид.

Тенденцию, о которой Вы пишете, зафиксировал Д. Э. Розенталь: в газетных текстах кавычки при прямой речи нередко опускают. Правда, он ничего на писал о названиях изданий, которые предшествуют прямой речи. Полагаем, что в заголовках, подобных Вашему примеру, название можно писать без кавычек, если оно безошибочно распознается как название:

     Парламентская газета: На неприятные запахи хотят ввести норматив.