В справочнике по пунктуации указывается, что это именно союз, одну из функций которого иллюстрирует приведенное предложение. Обобщающим словом а именно не является и являться не может. «Просто слово» — это можно сказать о любом слове, независимо от его морфологической природы и функции в предложении.

Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению без соотносительного слова. В таких конструкциях, как указано в пункте 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, запятая может не ставиться «при отсутствии интонационного отделения». Сравним: Иди туда, куда шел — при наличии соотносительного слова запятая ставится обязательно.

В параграфе 26 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина говорится, что если союз и повторяется дважды, то при однородных членах предложения, образующих тесное смысловое единство, запятая может не ставиться. В сочетании и вместе и порознь обстоятельства образуют тесное смысловое единство.

Витя может использоваться как уменьшительное к Виталий (хотя гораздо чаще используется как уменьшительное к Виктор). «Словарь русских личных имен» Н. А. Петровского указывает:

ВИТАЛИЙ, -я, м.
Отч.: Виталиевич, Виталиевна и Витальевич, Витальевна.
Производные: Виталя; Таля; Вита (Витя); Витася; Витаха; Виташа; Витуля (Витюля); Витюня; Витюха; Витюша; Витяна.
[Лат. vitalis — жизненный.]

Это сочетание пишется со строчной буквы, ср.: детский сад, школа, институт, издательство. Например: В поселке не было дома престарелых, но две школы и полтора детских садика были. Однако это сочетание может употребляться как индивидуальное название конкретного учреждения, например: Дом этот открыли после войны, назывался он при основании Дом престарелых.

Лучше выбрать первый вариант: Остальных подростков зовут Лиам и Чарльз по прозвищу Пончик.

Запятая перед по прозвищу ставится или нет в зависимости от интонации. Дело в том, что приложение, присоединяемое словами по прозвищу, может выделяться запятыми, если нужно передать соответствующую интонацию. Если интонации обособления нет, запятая не нужна.

Может быть, "генеральной директрисы"?  :)

Если говорить о названии должности безотносительно к полу лица, эту должность занимающего, то верно: помощник заместителя генерального директора.

Если нужно подчеркнуть, что помощник - женского пола, то корректно: помощница заместителя генерального директора.

А вот пол заместителя и директора в данном случае уточнять не обязательно. 

Существительное, относящееся к глаголу с отрицанием, может иметь форму родительного или винительного падежа, например: не прочитал этой статьи – не прочитал эту статью. В одних случаях тот или иной падеж является предпочтительным, а в других существует равная возможность употребления как родительного, так и винительного падежа. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».

По основному правилу между подлежащим и сказуемым, выраженными существительными, тире ставится.

Но тире может не ставиться, если в письменной речи отражено произношение с логическим ударением на сказуемом. Таким образом, если логическое ударение падает на слова еврей и армянка, это предложение можно писать как с тире, так и без них.

Судя по всему – вводное сочетание. Вводные слова и сочетания обычно не отделяются знаком препинания от присоединительного союза, стоящего в начале предложения: Но судя по всему, на этом власти намерены поставить точку. Но запятая может быть поставлена, если вводное сочетание судя по всему выделяется интонационно. Окончательное решение принимает автор текста.