Однозначного ответа нет. Приставка "а" есть в греческом языке, из которого заимствовано (целиком) слово атеист.  С точки зрения синхронного (современного) словообразования приставка не вычленяется. При этом морфемные словари выделяют  в этом слове приставку и суффикс:  а/те/и'ст/.

Вариант в Франции Вы просто не сможете произнести (или произнесение будет искусственным, не соответствующим тому, как бы Вы сказали в беглой речи). Именно поэтому такой вариант считается ошибочным: он противоречит тому, что реально есть в языке. А написание здесь отражает произношение.

В этом предложении возможны варианты пунктуации. Если готовность наступает ровно через два часа, то сочетание до готовности является пояснительным членом предложения. В этом случае запятая ставится. Если же варить нужно до готовности, которая наступит примерно через два часа, то запятая не нужна.  

Правильнее выделить в этом слове корень мешоч- и суффикс -ек. Да, существительное мешок образовано от мех, но в современном русском языке суффикс -ок- в этом слове уже не выделяется (значение слова мешок в современном языке не может быть объяснено через значение слова мех).

Так в начале предложения может быть местоименным наречием в значении "именно таким образом, не как-нибудь иначе" (в этом случае запятая не нужна), но может быть и вводным словом в значении " к примеру, в частности" (в этом случае запятая нужна). 

В большинстве доступных нам письменных источников аббревиатура НГУПС не склоняется. Вместе с тем известно, что в речи людей, самым непосредственным образом связанных с тем, что обозначено сокращением, могут встречаться и склоняемые образцы. Возможно, подобная речевая практика оправдывает и вариант В НГУПСе прошла спартакиада среди преподавателей.

Некоторые однородные члены, соединенные союзом и, в этом предложении объединены в пары: морозный и терпкий, бензиновый и скотий, сладость и горечь. При этом определения морозный и терпкий с одной стороны и бензиновый и скотий с другой стороны не являются однородными, так как обозначают разные признаки.

Слово верх многозначное, омонимы словарями не фиксируются. В этом можно убедиться, воспользовавшись толковым словарем, например на нашем портале. Многозначное слово описывается в одной словарной статье, значения нумеруются внутри статьи. Омонимы описываются в разных статьях, в этом случае обычно нумеруются статьи (ср. со статьями для омонимов брак). 

Если рассматривать слова "по большому счету" как вводные (в знач. "собственно говоря"), то их следует выделить запятыми, тире при этом ставить не нужно. Если же указанные слова выступают в наречном значении (в знач. "в общем и целом"), то их обособление не требуется, при этом ставится тире перед словом "это".