Сергей, это скорее вопрос к химикам, а не к филологам.

Корректные окончания: В ходе работы было изучено влияние на летальность следующих факторов: гендерного, возрастного, нозологического, уровня ампутации конечности, наличия предшествующей реваскуляризирующей операции, наличия постампутационного дефекта с контрлатеральной стороны.

У слова "третий" основа оканчивается на -j (то есть все слово - основа), а в косвенных падежах основа звучит как "третьj". Поэтому верно: третье, третья, третьего и т. д. 

Подробности здесь: http://rusgram.narod.ru/1315-1341.html

Правильно: Там и без него разберутся, кто чемпион, а кто нет.

Слова сверхсовременный, суперсовременный входят в состав современного русского литературного языка, они зафиксированы словарями (например, «Русским орфографическим словарем» РАН, «Большим толковым словарем русского языка» под ред. С. А. Кузнецова и др. источниками). Вряд ли возможна аналогия между словами современный и квадратный: невозможны сочетания «самый круглый», «самый квадратный», но вполне возможно: «самый современный» (т. е. самый новый, новейший).

Слова на букву Ы в русском языке есть, но картинки к ним нарисовать сложно. Слова на буквы Ы: ыр (песня у некоторых тюркских народов), ыкать (произносить звук ы), ыканье (произнесение звука ы). Кроме того, само название буквы Ы является словом – несклоняемым существительным среднего рода ы. В принципе, можно нарисовать под буквой Ы восточного сказителя, исполняющего песню, но вряд ли такие познания требуются от первоклассника. Скорее всего, эту букву можно пропустить.

Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и степень – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: мы беседовали с заведующим такой-то кафедрой доктором математических наук, профессором Михаилом Ивановым.

Интересный вопрос. Вероятно, это тот случай, когда на помощь должны прийти кавычки (хоть название и написано латиницей). С их помощью можно показать, что восклицательный знак – часть названия. Корректно: Есть такая система – «Yahoo!».

Вы правы, запятая здесь не нужна. Обстоятельственные обороты, начинающиеся конструкцией «по + имя существительное в предложном падеже» и обозначающие действие, событие, после которого что-либо происходит (по завершении... по истечении... по окончании... по прошествии...), обычно не обособляются. Но запятые ставятся, если оборот носит характер уточнения, пояснения (часто при употреблении после слов «потом», «теперь» и др.), ср.: потом, по завершении измерений, ...

Вашу фамилию склоняют правильно. С Чуприным было бы верно, если бы фамилия в именительном падеже была Чуприн. Форма творительного падежа от фамилии Чуприна – с Чуприной. См. тематические материалы нашего портала: 8familii/">Азбучные истины. Склонение фамилий; Н. А. Еськова. Особенности склонения фамилий и личных имен.