В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Возможны оба варианта, хотя значение их немного различается. Сочетание выставка преподавателей указывает на то, чья это выставка. Сочетание выставка работ преподавателей – на то, что выставляется. На практике одну и ту же выставку можно назвать и так и так.

Так как услуги по перевозке грузов включены в перечень товаров, услуг, закупаемых централизованно в ООО "Ромашка" (Приложение 1), данный лот был снят с рассмотрения...

Фамилия Мисуна склоняется так же, как существительные первого склонения (например, луна): Мисуны, Мисуне, Мисуну, Мисуной, о Мисуне. Таким образом, в дательном падеже верно: Мисуне.

Так как я имею дело с очень большим спектром вещей - от строгания рубанком до психологии, - то недостатка в тематике статей не наблюдается.

Врожденная грамотность - миф, однако разные языковые (как математические и иные) способности людей - реальность. Точно так же реально обратное - дислексия и дисграфия.

Если "Стандартный" — это официальное название банковского продукта, то оно пишется в кавычках с большой буквы как с родовым словом депозит, так и без него.

Краткое прилагательное пишется так же, как и полное, в данном случае - слитно, т. к. нет никаких оснований для раздельного написания: неизвестный - неизвестна.

1. Неспособные любить склонны к сентиментальности точно так же, как неспособные к братству склонны к панибратству.
2. Домашний кинотеатр не редкость в наши дни.