Правилен второй вариант.
В Бабьем Яре — рекомендация «Словаря собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко. На практике употребляются оба варианта, в том числе в художественной литературе и публицистике (но в романе Анатолия Кузнецова используется вариант в Бабьем Яре).
Запятая нужна: союз или в данном случае пояснительный (= то есть).
Для «отмены» запятой нет оснований, она нужна.
Спасибо, поправим.
Точка после сокращения ставится.
Тире уместно.
Оба варианта возможны. В Абрамцеве – строгая литературная норма, в Абрамцево – допустимое разговорное употребление. См. «1toponimy/">Азбучные истины».
Постановка двоеточия уместна.
По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.