Аббревиатуру НДРЙ «Словарь сокращений русского языка» (Д. И. Алексеев, И. Г. Гозман, Г. В. Сахаров) рекомендует читать [эн-дэ-эр-и́й]. Произнесение аббревиатур с буквой й в целом подчиняется общим правилам. Слова, вызывающие затруднение, нужно проверять по словарям.

Рекомендации не ошибочны. Действительно, наречие особенно обособления не требует (см. «Справочник по пунктуации»). В приведенном Вами вопросе убрать запятые не было предложено, потому что их постановка возможна: обстоятельства, выраженные наречиями (одиночными или в сочетании с зависимыми словами), могут обособляться с целью смыслового выделения или попутного пояснения. Таким образом, автор вправе поставить запятые, если хочет подчеркнуть слово особенно, обратить на него внимание читателя.

Определения мрачный и пустынный в общем случае характеризуют берег с разных сторон: мрачный говорит о производимом им гнетущем впечатлении, пустынный — об отсутствии на нём людей, животных, растений. Следовательно, запятая между ними не нужна. Другое дело, что второй из этих признаков тоже может производить гнетущее впечатление. Если требуется подчеркнуть это в художественном тексте, то определения можно счесть однородными и поставить между ними запятую.

Со словом лифт возможно употребление обоих предлогов – на и в. Конструкции с предлогом на употребляются для подчеркивания способа передвижения (подниматься на лифте), тогда как сочетания с предлогом в обращают внимание на пребывание внутри (застрять в лифте). В приведенном Вами контексте можно заподозрить языковую игру (иначе фраза бессмысленна), возможны оба предлога, в зависимости от того, что нужно подчеркнуть (способ передвижения или нахождение внутри).

Значение слова пара «отрицательная оценка знаний, успеваемости в пятибалльной системе, обозначаемая цифрой 2» закреплено в словарях, оно не является новым или необычным. Но в этом значении слово пара разговорное, с оттенком жаргонности. Поэтому кавычки могут быть уместны в том случае, если слово это используется в более строгой речи (чтобы подчеркнуть разговорную окраску). В иных случаях кавычки не нужны.

Слово совсем может употребляться в двух значениях — подчеркивать утверждение и подчеркивать отрицание. Если совсем употребляется в значении 'совершенно, очень', то правильно слитное написание: совсем непонятно (= совершенно непонятно). Если же совсем употребляется в значении 'отнюдь, никоим образом', правильно раздельное написание: совсем не понятно (= отнюдь не понятно). 

Окончательное решение принимает автор текста. Написание зависит от контекста и от желания автора подчеркнуть утверждение или отрицание.

Корректны оба варианта. Нейтральна форма единственного числа: Краснодарский и Ставропольский край. Однако, как и было сказано в ответе на вопрос 314077, имя существительное, которому предшествует два или несколько определений, указывающих на разновидности предметов, ставится в форме множественного числа, если автор намерен подчеркнуть наличие нескольких предметов. То есть при наличии специального авторского намерения может быть уместна форма Краснодарский и Ставропольский края.

Основным принципом русской пунктуации является грамматический (формально-грамматический, синтаксический, структурный). Это значит, что знаки препинания в первую очередь отражают синтаксическую структуру высказывания. Интонационный принцип, согласно которому учитывается наличие в речи пауз, подчинен грамматическому: он может быть реализован в тех случаях, когда не противоречит основному. Если в обсуждаемом высказывании требуется подчеркнуть наличие паузы, его следует разбить на два самостоятельных предложения: Она дура? Или притворяется?