Не и ни – это частицы, см. правила их написания.

В таком контексте правильно слитное написание: невиновный в преступлении. 

Действительно, иногда имя, прозвище, определение создается из предложно-падежного или глагольного сочетания и, чтобы графически показать единство многословной номинации, слова соединяют дефисами. Однако это лишь художественный прием и орфографический эксперимент, в некоторых случаях оправданный большой длиной имени и необходимостью показать его правую границу. В широко известных руководствах по правописанию можно найти примеры оформления подобных имен: Петушок со шпорами, Некто в сером. В недавно вышедшей научной работе по правописанию в разделе о прописных и строчных буквах предложено правило для подобных названий, дефис в соответствии с орфографической традицией в них не используется: 

В именах персонажей, выраженных предложно-падежным сочетанием или глагольным сочетанием, с прописной буквы пишется только первое слово, напр.: Рике с хохолком, Кот в сапогах, Кот в шляпе, Некто в сером, Петушок со шпорами, Двое из ларца, одинаковых с лица, (лиса) Принеси огня. (Е. В. Арутюнова, Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова. Прописные и строчные буквы в собственных именах. Общеупотребительные графические сокращения. М., 2023.)

Указанная запятая нужна: она закрывает присоединительный оборот с союзом в том числе.

Нормы менялись. Более ранние ответы даны в соответствии с изданием «Русского орфографического словаря» 1999 года, более поздние — в соответствии с рекомендациями издания того же словаря 2006 года. Следует ориентироваться на более поздние рекомендации и писать эти сокращения без точек.

1. Спасибо Вам за внимательность, ошибка в ответе № 313799 исправлена.

2. Корректно раздельное написание: Платить или не платить за не работавший домофон? В данном случае имеет значение то обстоятельство, что работавший — причастие прошедшего времени.