Действие, обозначаемое глаголом обнадеживать, может как негативно, так и позитивно оцениваться автором высказывания. Из этого следует, что та и другая оценка носит субъективный и вероятностный характер. 

Деепричастный оборот следует заменить придаточным предложением: ...но у организации отсутствует возможность реализации своего права ответить (возразить) на предостережение, так как суть предостережения не понятна (не ясна).

Без сомнения, в этом предложении требуется запятая, так как оно действительно сложноподчиненное. Придаточная изъяснительная часть в нем находится перед главной, что позволяет заменить запятую на тире.

В выражении слово янтарным употреблено в переносном значении, так как подчеркивается цветовой оттенок блеска, напоминающий яркие и тёплые тона, свойственные солнечному свету, который ассоциируется с янтарём.

На -ии — Какалии. Грузинские фамилии на -ия склоняются так же, как существительные на -ия: мелодии, Данелии, Какалии.
Подробнее о склонении фамилий вы можете прочитать здесь.
 

Да, сочетание Ох уж этот (эта, это, эти) можно рассматривать как цельное. Например, именно так оно представлено в «Русском орфографическом словаре» на нашем портале.

Увы, выбор здесь невозможен, так термины руководство и координация деятельности требуют разных падежей управляемого слова: руководство чем (которыми), но координация деятельности чего (которых). Предложение придется перестроить. 

См. https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pismovnik/kakoy-padezh-nuzhen-pri-otritsanii

Корректны оба варианта, однако между ними есть некоторая разница в семантике, так как винительный падеж подчеркивает конкретность объекта. 

Да, деепричастие должно быть обособлено; при этом перед союзом и запятая не нужна, так как он соединяет однородные сказуемые: ...он уходит и, уходя, забирает с собой...

Во всех этих случаях сочетание как хочу действительно образует цельное по смыслу выражение, которое означает «так, как мне заблагорассудится». Пунктуация в приведенных предложениях корректна.