Да, слово Луна как астрономический термин – название спутника Земли – является именем собственным и пишется с прописной буквы. Однако в нетерминологическом значении, а также в значении 'спутник любой планеты' луна – нарицательное существительное: ничто не вечно под луной; две луны Марса.
Слово вероятно может быть вводным (в значении 'по-видимому, наверное') и выделяться запятыми: он, вероятно, сегодня уже не придет, а может выступать и в функции сказуемого, в этом случае вероятно не обособляется: весьма вероятно, что сегодня он уже не придет.
Правило таково. Если наименование художественного произведения состоит из двух названий, соединенных союзом или, то перед союзом ставится запятая, а первое слово второго названия пишется с прописной буквы: «Веселое сновидение, или Смех и слезы», «Добро пожаловать, или Посторонним вход воспрещен».
Вместо "завести уголовное дело на кого-либо" обычно говорят возбудить уголовное дело (по факту преступления, на основании заявления потерпевшего и т. д.). Как мы можем судить по Уголовно-процессуальному кодексу, дело возбуждается не против какого-либо лица, а по информации о преступлении.
В "Большом универсальном словаре русского языка" дано такое определение существительного дисплей: "Выходное устройство электронного прибора, предназначенное для визуального отображения информации на экране, а ткж. сам такой экран". Таким образом, экран смартфона также можно называть дисплеем.
В этом предложении изъятие придаточной части невозможно, поэтому запятая перед ней не ставится (см. параграф 36.3 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Заметим, что структура предложения заставляет считать существительное бестии обращением, а обращение требует выделения с помощью запятой.
Прилагательное не страшны пишется здесь раздельно, поскольку в предложении есть местоименное слово на ни-, а такие слова усиливают отрицание (см. пункт 2а параграфа 147 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Указанные в скобках запятые в обоих предложениях не нужны. Название должности играет роль приложения к имени собственному, а не наоборот. Имя собственное может играть роль приложения к названию должности, если является попутным пояснением, что к приведенным случаям не относится.
Если Вы имеете в виду список корней, в которых написание букв на месте безударных гласных не соответствует общему правилу, а подчиняется традиции, то их полный список приведен в § 35 и 36 "Правил русской орфографии и пунктуации".
Здесь действие, названное оборотом исходя из них, соотносится с действующим лицом («мы исходим из целей и планируем задачи»), а потому оборот обособляется: Мы ставим цели на один год и, исходя из них, планируем задачи на каждый квартал.
