Разговорное сочетание пожалуй что в «Словаре вводных слов сочетаний и предложений» О. А. Остроумовой и О. Д. Фрамполь (М., 2009) и в «Толковом словаре сочетаний, эквивалентных слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003) отмечено как вводное.

Благодарим Вас за внимательное отношение к материалам нашей справочной службы. Ответ исправили. Что касается употребления форм винительного и родительного падежа зависимого слова при глаголе с отрицанием, то это одна из традиционных и интересных тем (увы, в лаконичном виде ее не изложить) грамматической стилистики. 

Оба варианта используются.

В данном случае перед нами пояснительный оборот, не сопровождающийся пояснительными союзами типа то есть, а именно. Такие обороты выделяются с помощью тире; двоеточие при них может быть поставлено только в случае, если поясняются информативно недостаточные слова главное, одно и т. п. (см. параграф 82 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). 

В данном случае определение иную относится не непосредственно к существительному тайну, а к сочетанию охраняемую законодательством Российской Федерации тайну. Соответственно, запятая не нужна. Сравним примеры заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п. (пункт 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Вполне возможное производное, пополняющее ряд прилагательных типа наилегчайший, наиглупейший, наимудрейший и т. п. Производные прилагательные объединяет значение высокой или чрезмерной степени проявления признака, но к средствам выражения превосходной степени сравнения они не относятся.

В морфологических разделах грамматических руководств (ср. описание в пособии Е. И. Литневской) не отмечаются какие-либо стилистические различия форм степени сравнения наречий. 

Многозначное слово субъект при указании на человека приобретает грамматические признаки одушевленного существительного. Поэтому корректно: смотреть на субъекта.

В этом случае нет оснований игнорировать указанный Вами пункт правил, тем более что в качестве примера в нем приводится, среди прочих, название «двойной должности» директор – художественный руководитель (в сочетании обратиться к директору – художественному руководителю). Структура названия должности в Вашем случае аналогична структуре названия из этого примера. 

Эта конструкция эквивалентна сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, сравним: Я полюбил ту, кого надо. В общем случае запятая в таких конструкциях ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).