Определительный оборот от природы умный, самостоятельный, относящийся к сочетанию русский генерал, имеет добавочное обстоятельственное значение причины и обособляется; внутри этого оборота запятая между определениями от природы умный и самостоятельный ставится потому, что они однородны.

Корректная пунктуация: Антон Антонович был, несмотря на небольшие нарушения, хорошим городничим. Обороты, присоединяемые предлогом несмотря на, обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу).

Однозначной рекомендации нет. Оборот по сценарию в ряде случаев выделяется как вводный, но часто и не обособляется. Значение оборота также близко к значению вводных слов, указывающих на источник сообщения, но не вполне соответствует этому значению.

Обороты с предлогом благодаря могут обособляться. Пунктуация зависит от ряда факторов. Подробно об этом Вы можете прочесть в "Справочнике по пунктуации".

Так как в приведенном Вами примере оборот с благодаря распространенный, запятую после качества лучше поставить.

Это разные случаи. Во втором (Для получения...) запятая не ставится.

А вот обороты с предлогом в связи с могут обособляться в зависимости от разных факторов (например, если оборот выделяется интонационно). Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Обороты, присоединяемые предлогом включая, обычно обособляются запятыми (см. «Справочник по пунктуации»). В Вашем предложении оборот лучше выделить скобками, чтобы сразу было понятно, что слово синусит входит в ряд однородных членов заложенности, ринита, синусита. Запятая перед скобками не ставится. 

Да, запятая поставлена корректно. Обороты с отглагольными предлогами типа несмотря на обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но тогда он, как правило, находится после сказуемого)

Поскольку глагол засияет вполне достаточен по смыслу и без сравнительного оборота, запятую нужно поставить: С нами ваш автомобиль засияет, как новенький. Но: С нами ваш автомобиль будет как новенький (сравнительный оборот входит в состав сказуемого, запятая не ставится).

В обоих случаях запятые нужны. Оборот со значением отождествления, приравнивания не выделяется, когда речь идет о каком-то предмете, человеке. В Ваших предложениях сравнительные обороты уточняют, конкретизируют признак (плотный, сумрачно). Они не образуют смысловой центр высказывания, а вводят некоторый дополнительный смысл.