Верно: я желаю Вам хороших выходных. Предпочтительно: в выходные. В разговорной речи вариант на выходных также верен.
1. Да, склоняется. 2. Верно: ограниченно.
1. Лучше: аромат яблок. 2. Такого правила нет, следует поставить запятую. Слова опоздав почти на час могут выделяться скобками или тире с обеих сторон как вставная конструкция: Против обыкновения он пришел в мятом пиджаке и брюках (опоздав почти на час) и не подготовил доклад к заседанию.
Да, это название склоняется: церковь в Кижах.
Если названия написаны кириллицей, то они пишутся в кавычках с большой буквы. Если латиницей - без кавычек.
Верно: на 4 года - 5 лет, на 2 года - 5 лет.
Запятая перед и нужна. По желанию автора ее можно заменить на тире.
Требуется тире: Бьет - значит любит.
Все эти варианты могут употребляться в разных контекстах.
Вытащить - разговорный вариант, вынуть - общеупотребительный.