Норме литературного языка (даже в среде рефлексирующих) соответствует ударение на втором слоге: рефле́ксия. Место ударения в существительном не связано с местом ударения в соотносительном глаголе на -ировать. Ср. прогре́ссия — прогресси́ровать, инспе́кция — инспекти́ровать и др.

Видимо, это выражение вызывает у Вас ненависть, поскольку носит оттенок официально-делового стиля, канцелярской речи. В живой звучащей речи (особенно в ситуации непринужденного общения) употребление этого выражения, действительно, зачастую неуместно, лучше говорить сегодня, в настоящее время. Но в письменной речи его употребление корректно: сочетание на сегодняшний день зафиксировано словарями русского языка и нарушением литературной нормы не является. Так что беспощадно вычеркивать его не стоит :)

Для постановки кавычек нет оснований: кавычки указывают на непривычное значение, необычное употребление слова, но значение слова завтра ''ближайшее будущее' фиксируется словарями (заглянуть бы в наше завтра!), т. е. необычным такое употребление назвать нельзя. Если же есть опасения, что при написании без кавычек читатель может не понять смысла фразы, тогда лучше ее перестроить.

Двоеточия не нужны, гиперссылки можно заключить в скобки и подчеркнуть.

Слова "стандартизированность" и "шаблонность" имеют схожие значения, однако не являются полными синонимами. "Стандартизированность" подразумевает соответствие каким-либо стандартам или нормам, определенную унификацию. Это более формальный и технический термин, который указывает на соответствие установленным правилам и процедурам. "Шаблонность" же означает склонность следовать шаблону, стереотипу или избитым формам и может иметь несколько более негативную окраску, подразумевая отсутствие индивидуальности или оригинальности. Таким образом, хотя оба слова связаны с концепцией унификации и повторения, их значения отличаются.

В предложении нет оснований для постановки запятых.

Запятая нужна. Слово так в значении 'например' обособляется как вводное.

Безусловно, слова объем и емкость родственные, т. е. исторически восходящие к одному корню с древним значением 'брать'. И разделение основы слова объем на приставку и корень нельзя считать ошибочным. Однако на современном этапе развития языка вывести значение слова объем из корня -ем- как минимум затруднительно. Это дает основание признать, что сращение приставки и корня в одну морфему близко к своему завершению.