Предложение оформлено корректно. Сочетание раб Бога и Господа Иисуса Христа представляет собой поясняющее приложение к имени собственному Иаков и выделяется с двух сторон запятыми.

Корректно: Самая первая гипотеза (о чем, кажется, в то время было слышно из каждого утюга), которую он вспомнил, — это «все проблемы из детства». Они много говорили и вместе размышляли на тему, почему рождаются дети с особенностями в развитии и какие меры нужно предпринять, чтобы этого не допустить.

Корректно: Мать Людмилы умерла в возрасте 33 лет, рожая седьмого ребёнка / во время родов седьмого ребенка, который тоже не выжил.

Редактор предлагает странную аргументацию: умереть родами — фразеологизованное сочетание, и управление в нем (умереть (чем?) родами) совсем не таково, как управление в грамматически невозможном сочетаниии *во время родов (кем???) седьмым ребенком.

С приведенным тезисом, как и аргументами в его пользу, трудно согласиться в полной мере. Во-первых, слово копна тоже содержит общеславянский корень, обнаруживающий параллели в балтийских языках. Во-вторых, этимология далеко не всегда может быть основанием для выбора слова при переводе. Имеют значение семантические и стилистические характеристики слова и его ассоциативный ореол, обусловленный особенностями употребления. В случае со словом копна, возможно, важно то, что в современном языке оно употребляется преимущественно в переносном значении в сочетании копна волос.

Запятая не поставлена, очевидно, потому, что автор счел обстоятельство в это время относящимся к обеим частям сложносочиненного предложения.

В этом случае нужно разделить цитату на две части: Он сказал, что это «самое страшное», что с ним «когда-либо случалось».

В толковых словарях русского языка слово будень отмечено как устаревшее и просторечное (о чем и должен сообщать ответ справочной службы). Стилистические особенности слова иллюстрируются цитатами из художественных произведений: «Ведь ты знаешь, что в будень мне некогда, я занят; в воскресенье, если погода будет хороша, пожалуй, съездим» [А. Н. Анненская. Мои две племянницы (1882)]; «Упражнять вас в этом чувстве мы по-настоящему должны всегда, в будень и в праздник» [А. П. Чехов. Праздничные (1884–1885)]; «Приехала с мужем, в будень, в четыре часа, нарядная, любезная, благоухающая сладкою фиалкою...» [Ф. К. Сологуб. Мелкий бес (1902)].

Правило есть, оно приведено в словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011). С прописной буквы пишутся нарицательные слова, выступающие как названия персонажей в сказках, пьесах, баснях и некоторых других произведениях художественной литературы, фольклора, напр.: Красная Шапочка, Змей Горыныч, Серый Волк, Синяя Борода и т. д. По аналогии с написанием Серый Волк корректно: Бурый Медведь, Гималайский Медведь, Синий Кит.

Спасибо за дополнение, ответ уточнен.

Как и тридцать лет назад, сейчас кофе может употребляться как существительное мужского рода и как существительное среднего рода. Эти варианты по-прежнему неравноправны: мужской род – строгая литературная норма (в образцовой речи), средний род – допустимое разговорное употребление (но не ошибка). Современные словари русского языка, как правило, указывают: кофе, м. и (разг.) с. Но могут и ограничиться указанием строгой нормы (особенно если это издания, адресованные работникам эфира).

Нормы языка фиксируются словарями, а словари составляют лингвисты, одна из задач которых – наблюдать за развитием языка и фиксировать происходящие в нем изменения. Особой «инстанции, ведающей чистотой русского языка» не существует, хотя в каком-то смысле такой инстанцией можно считать Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН, в задачи которого входит кодификация норм литературного языка в нормативных словарях, грамматиках, справочниках по культуре речи. Но академические словарные проекты выполняются и в других учреждениях, в том числе в Институте лингвистических исследований РАН, выпускающем многотомный Большой академический словарь русского языка – самый значительный по объему нормативной лексики словарь русского языка.