Вы правы: нейтральный вариант - комплексный, математический термин - комплексный.

В обоих случаях предпочтительно употребление формы мн. ч.

Нет, у этих слов разная этимология.

Очевидно, что в метре 100 сантиметров (на это указывает часть слова санти...). При этом наличие в рубле ста копеек языковыми средствами не выражено. Это наиболее вероятная причина.

Правило таково: при смешанном числе существительным управляет дробь, а не целое число. Ср.: 35,5 процента (не: ...процентов), 12,6 километра (не: ...километров), 45,0 секунды. (Розенталь Д. Э. Справочник по правописанию и литературной правке. М. 1999. § 164, п. 8.)  

Нейтральный вариант: страдание – страдания, желание – желания. Разговорный и поэтический вариант: страданье –  страданья, желанье – желанья.

Вариантные формы на -ие и на -ье есть у большого количества слов, ср.: проклятие – проклятье, спасение – спасенье, возвращение – возвращенье, признание – признанье, молчание – молчанье и т. п. При этом формы на -ие обычно являются общеупотребительными и стилистически нейтральными, а формы на -ье характерны для разговорной и поэтической речи (хотя может быть наоборот, ср. счастье – общеупотребительный вариант, счастие – устаревший, встречающийся в поэтических текстах).

Слово ложь, как правило, используется в единственном числе. Однако формы множественного числа грамматически возможны и, как показывают примеры из художественных текстов, иногда используются, ср.: Помилуют ли нас или не помилуют, будет ли нам утешением хоть минута раскаяния в тех, кто сторицею облыгал нас всеми лжами и клеветами, — это нам должно быть все равно... Н. Лесков, Русские общественные заметки. Одна из лжей, обрекающих человека на несоответствие и мучение, заключается в том, что идея способна изменить мир. А. Битов, Записки из-за угла. Рассказывали о всяких лжах и подвохах следствия, но никто — об угрозах или принуждениях. Л. Чуковская, Прочерк.

Корректна форма единственного числа.