Слово "непонятно", употребленное в роли сказуемого, может писаться и слитно, и раздельно с частицей НЕ. Раздельное написание уместно при интонационно-логическом подчеркивании отрицания.
Правильно: кафедра... методики обучения (чему?) информатикЕ.
Фразы имеют разное значение. Первая: пользователи понимают. Вторая: пользователей понимают.
Первый вариант лучше.
Корректно с дефисом: кабинет врача-офтальмолога.
Союз "как" употреблен в значении "в качестве"? Если так, то запятую ставить не нужно.
В первом примере можно использовать как личную форму глагола, так и инфинитив. Во втором примере запятую ставить не нужно.
Возможны варианты. Более употребительно: контроль за исполнением.
Правильно с дательным падежом.
Корректно: выглядываешь из окна, смотришь в окно.
