В названиях соборов, храмов, орденов, в географических наименованиях правильно написание слова святой с большой буквы: храм Святого Симеона Верхотурского.

Выражение настроить под себя широко используется, особенно в разговорной речи. Технические контексты — весьма распространенное «поле» применения этого оборота, отличающегося по своему значению от предложенных вариантов. Строго говоря, вопрос заключается не в общей стилистической оценке выражений настроить под себя, подобрать под себя, адаптировать под себя, а в том, уместны они или нет в конкретном высказывании (тексте). Как представляется, обсуждаемому высказыванию не свойственны приметы разговорности, а следовательно, сочетание под себя лучше заменить стилистически нейтральным. 

Вы совершенно правы в своих рассуждениях.  

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Вариант с тире между частями сложного бессоюзного предложения возможен.

Слова «как никогда» выделяются знаками препинания, обычно запятыми, вместе с относящимися к ним словами.

И тогда-то // Загрохали ставни, // И город, // Артачась, // Оголенный, // Без качеств, // И каменный, как никогда, // Стал собой без стыда. Б. Пастернак, Мужики и фабричные. Я утром гуляла в саду, в поле, была в лесу, мне казалось, что я одна во всем мире, и я думала, так хорошо, как никогда в жизни. И. Бунин, Легкое дыхание. Все было против людей Заозерья в то беспощадное утро: сушь и жара многих недель, состояние залежи и направление ветра, влажность воздуха и низкий, как никогда прежде, уровень грунтовых вод. Е. Парнов, Третий глаз Шивы.

Если слова «как никогда» тесно связаны по смыслу со сказуемым, то запятые, как правило, не ставятся.

Солнце пекло как никогда, но у пруда стояло затишье. Г. Белых, А. Пантелеев, Республика ШКИД. И как никогда было обидно, что его опыты – фактически девять лет его жизни – пошли насмарку. В. Богомолов, Момент истины. Он служил как никогда. И. Бунин, Суходол.