При официальном употреблении (например, в текстах официальных документов) правильно: Администрация Президента Российской Федерации. Ср. в Положении об Администрации Президента Российской Федерации: «Администрация Президента Российской Федерации является государственным органом...»

При неофициальном употреблении правильно написание строчными. Например, в газетной статье: В администрации президента заявили...

Да, кавычки уместны, чтобы обратить внимание читателя на использование сочетания не в своем обычном значении.

См. ответ на вопрос № 318342.

В данном случае предпочтительнее форма множественного числа сказуемого, т. к. слово «которые» использовано в форме множественного числа: поступили два замечания, которые приняты.

Иностранные фамилии при словах типа династия, дом, семья обычно используются в форме единственного числа: семья Оппенгейм. В Ваших примерах Виндзор и Тюдор — это тоже формы единственного числа. 
Наличие слов дом, династия и др. не влияет на склоняемость таких фамилий.
Более подробную информацию о сложных случаях склонения фамилий Вы найдёте в «Письмовнике».

Кавычки уместны в тексте для неподготовленного читателя, не знакомого с этим термином. Если текст адресован читателю, которому должно быть известно сочетание мягкие навыки, кавычки можно опустить.

Дума пишется с прописной, если это слово используется вместо сочетания Государственная дума. Написание этого слова, в случае если оно заменяет собой название областной думы или городской думы, не кодифицировано. Представляется уместным в этом случае в неофициальном тексте писать дума строчными.

Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен собственных — имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Радужные Столбы соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: Иван Радужные Столбы, поселок Радужные Столбы.

Вряд ли целесообразно настолько расширять функции прописной буквы, чтобы использовать ее для выделения самых разных наименований, где слово используется не в своем прямом значении. В одних случаях достаточно одной прописной в начале названия, в других — использования кавычек или других выделительных средств (например, курсива).

Норма не поменялась: названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы при официальном употреблении. Это и тексты официальных документов, и официальные названия организаций, советов и др., в которых используется название должности. Например, в составе таких наименований, как Совет при Президенте Российской Федерации по науке и образованию или Российская академия народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации, слово Президент тоже пишется с прописной. 

Если нужно передать значение 'содержащий элементы фантастики и эротики', то корректно дефисное написание: фантастически-эротический. Но если это сочетание наречия с прилагательным, нужно писать раздельно: фантастически эротический (= невероятно, чрезвычайно эротический).