В этом предложении причастие с зависимым словом входит в состав сказуемого. В таких случаях запятая не нужна (см. пункт 3 параграфа 18.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
Это оборот со значением включения, такие обороты чаще всего обособляются: Помимо потрясающего и изобилующего неожиданными событиями сюжета, бросается в глаза исключительная тщательность, с которой разработчики прописывали окружающий мир.
Предпочтительно изменить порядок расположения компонентов предложения: Зафиксированные экспертом нарушения, которые были допущены при проведении осмотра.
Возможны оба варианта — с обособлением и без. Подробнее см. ответ на вопрос № 313007.
Правильно и в первом примере, и во втором. А вот и сами правила:
Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится (иначе говоря, запятая, которая должна была «закрывать» вводное слово, переносится в конец обособленного оборота).
Если оборот заключен в скобки, то стоящее в его начале или конце вводное слово отделяется запятой по общему правилу.
Постараемся обобщить рекомендации.
Обороты с предлогом «исходя из» обычно выделяются запятыми.
Исходя из прошлого опыта, догадываюсь, что это с плиты свалилась сковорода. В. Токарева, Будет другое лето. Исходя из этого, мы засыпаем в амбар для колхозников две с половиной тысячи центнеров. Б. Можаев, В Солдатове у Лозового. Исходя из цифр переписей, показаний свидетелей и других данных, исследователи находят, что число погибших превышало 7 миллионов человек. А. Кузнецов, Бабий Яр. Исходя из этого, ум служит единственно возможным источником наслаждения. А. Чехов, Палата № 6.
Запятые не требуются, если оборот с предлогом «исходя из» тесно связан по смыслу со сказуемым.
Мы по-прежнему пытались прогнозировать свое и общее будущее исходя из разумных посылок. Е. Гинзбург, Крутой маршрут. Проект разработан исходя из запланированной стоимости.
Обороты со словами «исходя из» не отделяются знаком препинания от предшествующего союза «а», если оборот нельзя изъять из состава предложения или переместить.
Я ведь не по восторженности отпустил тогда Ислам-бека, господин полковник, а исходя из внутренних убеждений и совести своей. Б. Васильев, Были и небыли.
Теперь касательно второго вопроса. Запятые ставить не нужно, поскольку деепричастие выступает в роли обстоятельства образа действия.
Обособление нужно. В этих случаях приложение с союзом как осложнено причинным значением. См. об этом параграф 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Верно слитное написание: существительное неотработка в таком контексте обозначает непринадлежность комиссии к числу отработанных (см. пункт 2 параграфа 148 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Запятая не нужна. Деепричастие, имеющее в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием.
В сочетании с аббревиатурой корректно: с СМЭВ.
