Оба варианта корректны.
Используется дефис.
Точка в сокращении мин не ставится.
В обоих случаях обособление не требуется.
Правильно: 12,000 % — двенадцать целых ноль тысячных процента;12,050 % двенадцать целых пятьдесят тысячных процента 12,005 % — двенадцать целых пять тысячных процента.
Правильно без предлога: наиболее вероятно, что 29 мая.
После точки как знака сокращения не ставится точка в конце предложения. В остальном точка как знак сокращения не влияет на пунктуацию: если оборот должен быть обособлен, он обособляется и при наличии в конце его сокращения с точкой, например: Иван, родившийся в 1985 г., встретил Машу...
Приведенный Вами пример не показателен. Во-первых, запятые не нужны: обороты, присоединяемые предлогом в ответ на, обычно не обособляются. Во-вторых, не нужно и сокращение г.: если дата записывается цифрами, то слово года или сокращение г. после даты не требуется. Корректно: В ответ на исходящие № 1 от 07.09.15 и № 5 от 21.09.15 сообщаем, что...