Постановка тире или дефиса зависит от смысла сочетания. Если в числе инженеров-программистов есть главный, то пишем главный инженер-программист. Если же главный инженер одновременно является программистом, то пишем главный инженер — программист.
Оба варианта возможны.
Предложение неудачно. Необходимо его перестроить.
Правильно: и. о. главного инженера.
Буква ю используется в русском письме в двух функциях: для обозначения гласного звука у с одновременным указанием на мягкость предшествующего парного согласного (люблю) и для передачи сочетания согласного звука j с последующим гласным у (юбка).
Кавычки не нужны: сухой кашель, влажный кашель.
Запятая ставится.
Все названия должностей здесь пишутся с маленькой буквы. Поскольку это начало абзаца, с большой буквы следует писать только первое слово: Главный инженер — первый заместитель генерального директора.
