Чередование а/о, связанное с суффиксом -ива-/-ыва-, — особый вид чередования, встречающийся во многих корнях. Удобнее не перечислять эти корни, а описывать как единую группу корней с ограничением на проверку. Так было в правилах 1956 года, такое описание и в современных правилах.

Есть прилагательное читаный и причастие читанный, ничего не менялось. См. также данные ресурса «Проверка слова». 

Правильно: очковать (ср.: очкую, здесь представлено обычное для русских глаголов чередование ова/у(й): организовать — организую, бастовать — бастую, страховать — страхую, формировать — формирую и т. д.), очкануть (глагольный суффикс -ану- со значением «однократно и, как правило, интенсивно или экспрессивно, резко совершить действие, названное мотивирующим глаголом», ср.: сказануть, садануть, ливануть и т. д.).

В корне приведенных Вами слов есть чередование, но это особый тип чередования: перед суффиксом -ова-(-ева-) появляется ударная а, хотя в других случаях пишется проверяемая о (ср.: опоздать — поздно — опаздывать, смотреть — смотр — высматривать, глотать — глотка — проглатывать). Такие корни описывают как особый случай основного правила о проверяемых безударных гласных и считают проверяемыми, но с ограничением на проверку: не проверять словами с суффиксом -ова-(-ева-). См., например, здесь. 

В существительном ложка не выделяется суффикс -к-, потому что это слово не образовано ни от какого другого слова современного русского языка с помощью суффикса -к-. То же касается слов кружка, шишка: они не образованы ни от каких других слов с помощью суффикса -к-. Во всех этих слова -к- – часть корня.

В существительном кошка выделяется суффикс -к-, потому что это слово образовано от слова кот с помощью данного суффикса (происходит чередование т//ш).

Слово белочка в современном русском языке образуется от слова белка с помощью суффикса -к-. Перед этим суффиксом происходит чередование к//ч и появляется так называемый беглый гласный о.

Исторически слово белка образовалось от бела (белка), а это животное получило имя по цвету меха белой породы — очень редкой и дорогой. Однако современные носители языка смысловой связи между словами белка и белый сейчас не ощущают. Поэтому в словах белка и белочка сейчас выделяется корень -белк- (-белоч-).

Вы привели пары слов, а не форм слов. Названные Вами суффиксы словообразующие. Обратите внимание: в слове косыночка суффикса -очк- нет. Косыночка образуется от косынка, к основе косынк- прибавляется суффикс -к-, при этом в основе происходит чередование к/ч и перед ч появляется беглая гласная о. Однако в начальной школе обычно не разграничивают суффикс -очк- и сочетание очк, появившееся на стыке морфем, так как для выбора написания различие это никакого значения не имеет, а объяснение сложных морфонологических явлений может запутать ребенка.

В современном языке отсутствует существительное одуван, с которым было связано слово одуванчик (этимологически производное от исчезнувшего одуван с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -чик-); не употребляется и глагол одуть, образованный от дуть с помощью приставки о-. Поэтому при анализе современной системы языка слово одуванчик считается непроизводным — приставка и суффикс в нем не выделяются, рассматриваются как исторические аффиксы.

Прилагательное жестокий — заимствование из старославянского языка, в русском языке слово является непроизводным. В краткой форме корень жестк- выступает в форме жесток- (чередование о с нулем звука).