Предложение построено не вполне корректно (нельзя сказать: возникла проверка), поэтому ни один вариант не верен. Предложение следует перестроить.
Верно: при замминистра.
Правильно: в муниципальном образовательном учреждении «Эммаусская средняя общеобразовательная школа», расположенном по адресу... Согласование с родовым словом учреждение. Ср.: в кинотеатре «Победа», расположенном по адресу...
Школьное правило таково: в глаголах в форме прошедшего времени перед -л- сохраняется та же гласная, что и в инфинитиве перед -ть: поставить - поставили.
Предпочтительный вариант: в ходе проверки выявлен ряд недочетов.
Правильно: Каждый, попавший сюда со стороны, подвергался проверке.
Ваши рассуждения неверны.
Приходиться (с ударением на и) — начальная форма глагола. Приходится (с ударением на о) — форма третьего лица единственного числа того же самого глагола.
