Как бы там ни было — вводное сочетание, поэтому запятая нужна. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Оба варианта верны.
Такая форма слова дно неверна. Правильно: доньев.
Оба варианта возможны.
Правильно: до Вашего ухода на больничный.
В указанном Вами месте не нужно ставить запятую.
Выбор окончания зависит от места ударения в имени. Правильно: Алфии (если в именительном падеже ударение на первом слоге: Алфия), но: Алфие (если в именительном падеже ударение на последнем слоге: Алфия).
Сравнительные обороты как прежде, как раньше обычно обособляются, но исключение составляют случаи, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу. В данном предложении пунктуация зависит от смысла: Я надеюсь и верю, как прежде, Что всё в жизни дано мне не зря (= я прежде надеялся и верил, я и сейчас надеюсь и верю) и Я надеюсь и верю как прежде, Что всё в жизни дано мне не зря (= надеюсь и верю в той же степени, что и прежде).
