Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о, обычно не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Яровое (это название не склоняется, т. к. при склонении сложно будет восстановить исходную форму: в городе Яровом – это город Яровой или город Яровое?).
Правильно: в городе Москве, в городе Екатеринбурге. См. подробно в «Письмовнике».
См. в Горячей десятке вопросов.
Вы правы. Верно: в городе Костомукше (как в городе Москве). Это склоняемое название.
Строгая литературная норма требует склонять русские и хорошо освоенные иноязычные названия городов в сочетании со словом город: в городе Москве, из города Ялты, сайт города Симферополя. Отсутствие согласования (из города Ялта) можно встретить в официально-деловом стиле, в административно-судебной речи.
Корректно: в городе Красноярске.
Корректно: заявление прокурора города Аргуна.
Корректно: Нальчику, городу Нальчику.